芸薹种SSR和UGMS标记遗传连锁图谱的构建.docVIP

  芸薹种 SSR 和 UGMS 标记遗传连锁图谱的 构建# 王哲，韩新丽，朴钟云** 5 10 15 20 25 30 35 40 （沈阳农业大学园艺学院，沈阳 110866） 摘要：本研究以芸薹种大白菜亚种多国芸薹属 AA 基因组测序计划(The Multinational B rassica Genome Project, MBGP)模式植物‘Chiifu’为父本，以小白菜亚种高代自交系‘四九菜心’ 为母本，利用国际公用简单重复序列(Simple sequence repeats, SSR)标记和本实验室设计开发 的单基因微卫星(Unigene microsatelite sequence, UGMS)标记，以 BC1 代为作图群体，构建 了一张总长度为 1160 cM，包含有 10 条连锁群的分子遗传图谱。本图谱共计 251 个分子标 记，包含 120 个 UGMS 和 131 个 SSR 标记。单拷贝标记数位 218 个。标记的平均图距为 4.62 cM。每条连锁群有 15 至 37 个标记，连锁群长度介于 79.3 cM-150.9 cM 之间。该图谱为构 建一张完整的大白菜染色体片段替换系奠定了基础。 关键词：芸薹种；简单重复序列标记；单基因微卫星标记；遗传图谱 中图分类号：S634 The genetic linkage map of Brassica rapa based on SSR and UGMS markers WANG Zhe, HAN Xinli, PIAO Zhongyun (College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, ShenYang 110866) Abstract: A BC1 mapping population derived from a cross between two subspecies of Brassica rapa, the model plant material of the Multinational Brassica Genome Project ‘Chiifu’ (B. rapa spp pekinensis) as donor parent and an inbred line ‘caixin’ (B. rapa L. ssp. chinensis) as recurrent parent, was used to construct a linkage map of B. rapa. Linkage analysis of 251 polymorphic markers, including 131 public SSR and 120 UGMS markers, gave 10 linkage groups (LGs) with a total genome coverage of 1160 cM. The average distance between adjacent loci was 4.62 cM. The number of markers on each LG was ranged from 15 to 37, and the length of LG from 79.3 cM to 150.9 cM. This map will lay a foundation for construction of chromosome segments substitution lines of Chinese cabbage. Keywords: Brassica rapa; Simple sequence repeat; unigene microsatellite; genetic map 0 引言 芸薹种属于十字花科芸薹属，包含大白菜，小白菜和芜菁三个亚种，是重要的蔬菜作物 和经济作物。大白菜，作为其中重要的蔬菜之一，其品种丰富，且具有较高的营养价值。大 白菜全基因组序列的公布[1]，不仅为大白菜育种工作提供了良好平台，也为揭示基因结构， 注释基因功能奠定了基础。如何更为有效的挖潜和利用这些基因，以便更好的应用于生产实 践中，成为育种工作者最为关注的问题。 遗传连锁图谱的构建是遗传学研究的重要组成部分，是进行数量性状基因定位、分子标 记辅助选择、染色体片段替换系构建、基因聚合、功能基因克隆以及比较基因组研究的基础 [2-3] 外运用不同群体和标记类型构建的芸薹种分子遗传图谱已达 30 余张[4-7]。但多数遗传图谱利 用了芸薹种亚种内构建的作图群体[8-11]，从而限制了多态性标记的开发和定位。 基金项目：教育部高等学校博士学科点专项科研基金（200920131