第三章转录和转录组学.ppt

一、5′加帽和3′多聚腺苷酸化 真核转录物的每一端都要被加工（图3.12）。5’末端被以一种罕见的5’-5’（而不是3’-5’）连接方式添加一个修饰过的鸟嘌呤核苷（7-甲基鸟嘌呤核苷）而修改；这一末端基团称为帽子（cap）。5’帽子对于mRNA与核糖体结合以开始蛋白质合成是必须的。真核mRNA分子3’末端通常被往回“修剪”（外切核酸酶消化）成较短的序列，作为添加多达200个核苷酸的多聚腺苷酸序列（poly-A尾巴，poly-A tail）的底物。poly-A尾巴有助于形成mRNA的稳定性。 二、间隔序列的剪接 真核生物中初级转录物剪接的重要特征也如图3.12所示。从初级转录物中切除的序列称为内含子（introns）或间隔序列（intervening sequences）。伴随着内含子切除的是剩余片段——称为外显子（exons）——的重接，以形成mRNA分子。内含子的切除和外显子的连接即RNA剪接（RNA splicing）。 三、人类转录物的特征 基因特征 中位数 平均数 内部外显子大小 122 bp 145 bp 外显子数目 7 8.8 内含子大小 1023 bp 3356 bp 5’非翻译区 240 bp 300 bp 3’非翻译区 400 bp 770 bp 编码序列长度 1101 bp 1341 bp 占基因组的量 14 kb 27 kb 表3.2中一个值得注意的特征是，人类基因往往比线虫或果蝇的基因大。大多数人类基因由大的内含子分隔的小的内含子构成，且许多基因在长度上超过100 kb。最大的人类基因编码肌营养不良蛋白；该基因长度为2.4 Mb，该基因中的突变与X连锁的杜氏肌营养不良相关。平均每个人类基因占27 kb基因组DNA，但仅有1.3 kb（约5%）用来编码氨基酸。这一情况与中位数差不太远。基因长度的中位数是14 kb，其中仅1.1 kb（约8%）用来编码氨基酸。人类基因的大部分长度是因为较长的内含子。有些内含子大于300 kb，转录需要超过2.8小时。 四、转录和RNA加工的偶联 RNA转录物在细胞核里扑腾着等待RNA加工装置来发现它，这是不允许的。转录和RNA加工是偶联过程（coupled processes），意思是，它们由物理的或功能的相互作用相关联，以致一个过程的出现可起始或调节另一个过程。这种相互联系，图3.12显示了一些。在偶联中，一个关键的参与者是RNA聚合酶Ⅱ大亚基的羧基末端结构域。该结构域由一种7个氨基酸的模体组成，在酵母蛋白中重复27次，在人类蛋白中重复52次。该模体含有磷酸化与去磷酸化位点，可使偶联功能打开或关闭。例如，在转录起始过程中，重复模体中的丝氨酸-5被磷酸化，这导致起始因子的释放，从而招募修饰转录物5’末端的加帽装置，从而保护5’末端免于降解。随后，丝氨酸-5去磷酸化，引起加帽装置的释放。此刻，丝氨酸-2被磷酸化，这促进了剪接及RNA加工后续步骤所需装置的招募。在转录结束但转录物尚未释放之前，同样也是这个重复模体参与多聚腺苷酸化装置的招募。 偶联的作用——其中，每个连续的步骤招募下一步需要的因子——是极大地增大了RNA加工的速度和专一性。如果没有偶联，RNA加工可能会依赖于扩散，从而可能会导致许多错误，尤其是在剪接分隔相对较小外显子的通常巨大的内含子时。转录正在发生的同时，剪接装置的招募，使正确的剪接非常容易。这并不是说内含子的剪接是完全按照它们被转录的顺序。剪接进行的顺序取决于内含子的大小和核苷酸组成，以及转录的总体速率。 转录中的不同步骤与RNA加工中不同步骤的偶联，有众多的相互关联的环节。例如，与RNA聚合酶结合的蛋白质，促进延伸，也辅助招募剪接装置，而剪接装置转而刺激延伸，以使含内含子的基因更高效地转录。剪接装置还促进招募多聚腺苷酸化装置。RNA加工的主要步骤全部都完成于mRNA从转录复合物上释放之前。随着每个内含子被剪接，蛋白质结合于外显子之间的接头上（图3.12 B和C）。这些蛋白质中的一些，在mRNA释放后，起到促进mRNA从细胞核输出到细胞质的作用。这些蛋白质中的另一些，在第一轮翻译中，起到识别有缺陷的mRNA分子的作用，随后这些mRNA分子被破坏掉。 五、RNA剪接的机制 显示从初级转录物去除一个内含子的示意图。（A）分支位点处的核苷酸A攻击5’外显子末端，切割外显子-内含子接头，形成接回分支位点的一个环。（B）随后，5’外显子被带到3’外显子切割位点，产生第二次切割，两个外显子末端连接并封闭。（C）环以套索状结构释放并被降解。因该环包括大部分内含子，该套索的环通常远长于尾部。 存在于snRNPs中、参与剪接的一些小核RNAs之间的动态相互作用。（A）U6 snRNA常见与U4 snRNA复合。（B）U2 snRNA在自身上形成一个稳定的回折结构。（C）U4-