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第二届中国第二届中国 RR 语言会议语言会议 ( 北京 )
omd 的由来与 QSAR
马斌 徐建明
浙江大学环境与资源学院
omd QSAR 1
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omd QSAR 2
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omd QSAR 3
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Thanks to Yihui Xie from COS
and Kurt.Hornik from R-group
/web/packages/omd/index.html
omd QSAR 4
第二届中国 R 语言会议 ( 北京 )
• QSAR （ Quantitative Structure-Activity
Relationship ）——定量构效关系
• 化合物结构与其效应之间的定量关系 ，即借助结构参数
构建数学模型来描述化合物结构与活性之间的关系
• 活性——化合物的反应活性，比如药效、反应速度、吸
附特性……
omd QSAR 5
第二届中国 R 语言会议 ( 北京 )
omd QSAR 6
第二届中国 R 语言会议 ( 北京 )
omd QSAR 7
第二届中国 R 语言会议 ( 北京 )
omd QSAR 8
第二届中国 R 语言会议 ( 北京 )
• fcons: filter the constant and nearly
constant indices
• fhcor: filter the highly correlated indices
omd QSAR 9
第二届中国 R 语言会议 ( 北京 )
fcons
# filter the constant and nearly constant indices
fcons-function(indices,k){
samp-c()
dim.ind-dim(indices)
for(i in 1:(dim.ind[2])){
if (length(unique(indices[,i]))=k)
samp-c(samp,i)
}
indices.fil-indices[,-samp]
indices.fil
}
omd QSAR 10
第二届中国 R 语言会议 ( 北京 )
• fcons 可以将 QSAR 中的分子结构参数矩阵中衡量或
者近似衡量的参数删除。
• 通过 Dragon 5.0 计算的 16种 PAHs 分子结构参数矩
阵为 16×1441 。
• 使用 fco
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