动态性状功能定位模型的优化.pdfVIP

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2017-09-16 发布于重庆
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动态性状功能定位模型的优化.pdf

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维普资讯第24卷第6期上海交通大学学报 (农业科学版) 2006年 12月 JOURNALOFSHANGHAIJIAOTONGUNIVERSITY(AGRICULTURALSCIENCE) V01．24No．6 Dec．2006 ArticleID：1671-9964(2006)06-·0517-·07 OptimizationofFunctionalMappingModel forDynamicTraits LIJia-han，YANGRun—qing (SchoolofAgricultureandBiology，ShanghaiJiaotongUniv．，Shanghai201101，China) Abstract：FunctionalmappingincorporatesfundamentalprinciplesbehindbiologicalprocessesornetworksintoaQTLmapping rfamework．Modelingtime——dependentexpectedmeanvectorsofQTLgenotypesandthestructureofthewithin-subjectresidual eovarianeematrixaretheessenceforfunctionalmappingQTLofdynamictraits．Wechooseanoptimalmodelofrfunctionalmap— pingviacomparingvariouscombinationsofsubmodelsformeanvectorsofQTLgenotypesandresidualcovariancematrixaccording tostatisticalpowerofdetectingQTL．TakingmappingQTLthataffectleafagegrowthtrajectoriesinriceofaDHpopulationasan example，weused3biologicalmeaningfulsubmodelsand2ordersLegendrepolynomialtomodelthemeanvectorofQFIgeno— typesand11stationaryandnon—stationarymodelstofitresidualcovariancematrix．BasedonstatisticalpowerofdetectingQFL， themodelwithGM2forthemeanvectorand”Damped” exponentialmodelofl’residual covariancematrixwasdeterminedasopti— realoneandtwoQTLweredetectedinlinkagegroup3，withgreaterstatisticalpowerthanothercombinations． Keywords：flmctlonalmapping；meanvector；residualcovariancematrix；submodel；optimization CLCnumber：Q943 Documentcode：A 动态性状功能定位模型的优化李嘉涵，杨润清 (上海交通大学农业与生物学院，上海200240) 摘要：功能定位的实质是将动态性状变化过程的基本规律镶嵌在QTL定位框架内。拟合与时间相关的QTL基因型的期望均值向量和剩余误差的协方差矩阵是动态性状功能定位的核心内容。根据QTL的统计检测效率，通过比较关于QTL基因型的期望均值向量和剩余误差的协方差矩阵的子模型的不同组合，来筛选优化的功能定位模型。以水稻一