基于高密度SNP芯片进行中国荷斯坦牛CNV检测.pptVIP

衷心感谢各位老师！ * College Animal Science Technology College Animal Science Technology * 基于高密度SNP芯片进行中国荷斯坦牛CNV检测 刘剑锋　张勤 中国农业大学动物科技学院 2010.8.17 一、研究背景 拷贝数变异是指与参照基因组比较，DNA片段缺失、复制、插入或复杂基因组重排区域大于1Kb至Mb的结构变异。 * * … * CNV在人类基因组上的研究 CNVs大约占有12%的区域 几千个基因存在拷贝数变异 SNP研究任何两个随机人类基因组都至少有0.1%的差异 ，CNVs研究为至少1% * CNV在人类基因组上的研究 2004年，lafrate等在5个人群39名没有亲缘关系的健康个体中发现255个位点包含CNVs ,平均长度150kb-425kb 2004年，Sebat等在20个没有血缘关系的个体中发现221个拷贝数变异，平均跨越465kb * CNV在人类基因组上的研究 2005年，Tuzun等比较两组不同种族的人类基因组序列，共发现241个CNVs,片断大小在8～40kb。 2008年，Hasin等通过3个不同祖先的25个个体检测嗅觉受体（OR）基因位点的CNVs。发现93个OR基因位点受到CNVs影响。 * * CNV在小鼠中的研究 2007年，Chris 等比较C57BL/6品系的14个高度近交967代的亚群鉴别出38个CNVs。 18个CNVs影响43个与繁殖、免疫和认知相关的基因。 CNVs的范围在4Kb-4Mb。 * CNV在大鼠中的研究 2008年，Guryey等研究发现643个CNVs约占基因组的1.4%，65%的CNV片段长度小于10kb 。 CNVs在基因组上分布不均匀，最易集中在中心粒和端粒部位。 发现18号染色体（RNO18）没有CNV 。 * CNV在猪中的研究 12头没有亲缘关系的杜洛克猪与一头没有亲缘关系的汉普夏公猪比较 共发现37个拷贝数变异区域，5个位于染色体重复区域 * CNV在牛中的研究 14 Holsteins 3 Simmental 2 Red danish 1 Hereford 基于ＣＧＨ技术 * 来自１７个公牛家系的２４８个半同胞个体 基于SNP 50 K芯片技术 ＣＮＶ的研究价值 * 　CNVs 除了具有覆盖范围广、组成形式多样的特点以外，还具有其作为遗传标记的三个重要特点 　　　—— 可遗传性 　　　——相对稳定性 　　　——高度异质性 * ＣＮＶ的研究价值 * CNV作用机制与疾病 通过剂量效应直接改变基因表达量，引起功能紊乱。 通过影响基因转录调控因子，间接影响基因的表达量。 * 研究CNV的相关试验技术 Array-CGH ROMA Fosmid末端比较 FISH SNP芯片技术 分辨率范围从1Mb到几Kb 准确程度依靠芯片上片段的数量和距离 二、试验群体 2047荷斯坦奶牛，来自１４个公牛家系 基于Illumina高密度SNP50K芯片检测平台 * 三、CNV检测 利用BEADSTUDIO产生每个个体的所有SNP位点探针杂交信号强度数据； 基于隐马尔科夫链算法，采用PennCNV软件，检测个体CNV。 * * PennCNV简介 从SNP芯片数据检测CNVs 隐马尔科夫模型（hidden Markov model） 可处理 Illumina、Affymetrix及其他芯片数据 集成多方面信息：total signal intensity、每个SNP标记的allelic intensity ratio、相邻SNPs的距离、SNP等位点的群体频率、系谱信息。 * 共检测出8010个CNV，存在于1746 samples内。 其中大多数含SNP数不超过10个，检测出CNV数超过100个的有7 samples（low quality）。 需进行质量控制，以减少假阳性结果。 四、检测结果 * 对牛SNP50芯片数据的分析 质量控制 sample-level： No.CNV：50 LRR_SD:0.24 BAF_DRIFT:0.01 WF：0.05 * 2047 samples---------1246 samples8010 CNVs--------------2448 CNVs * 质量控制 call-level 质控水平：7 SNPs,100 Kb 2448 CNVs--------242 CNVs * 质量控制： 去除特定染色体区域的CNV：如染色体端、着丝粒附近等区域。 * 对牛SNP50芯片数据的分析 最终结果 * 对牛SNP50芯片数据的分析 * 五、下一步工作 对检出的CNV进行进一步验证： 1、