对拟南芥转录因子TCP家族的生物信息学分析.pdfVIP

对拟南芥转录因子 TCP 家族的生物信息学分析 [背景知识] 转录因子的结构与调控作用 转录因子 (transcription factor)也称为反式作用因子 (trans-acting factor)，是指能够与真核基因启动子区顺式作用因子特异性结合的 DNA 结合蛋 白。通过他们之间以及和其他相关蛋白之间的相互作用，激活或抑制转录。近年 来，相继从高等植物中分离出一系列调控干旱、高盐、低温、激素、病原反应及 发育等相关基因表达的转录因子。 植物转录因子通过其功能域DNA及其它蛋白间的相互作用，激活或抑制诱导 型基因的表达。转录因子的DNA结合区决定了它与顺式作用元件结合的特异性， 而转录调控区决定了它对基因表达起激活还是抑制作用。此外，其自身活性还受 到核定位及寡聚化的影响。近年来，基因分子生物学研究领域的重点已经逐渐从 功能基因转到启动子的顺式作用元件和转录因子及其调控机理上。对转录因子的 结构与功能的分析鉴定，是阐明在各种条件下基因表达调控机理的重要内容之 一，揭示转录因子之间及它们与DNA之间相互作用的具体机制，就可以人为的控 制特定基因的表达，使植物基因转化能获得好的结果。 TCP family 的转录因子 最早发现 cycloidea ( cyc)和 teosinte branched 1 ( tb1)基因编码结构 相似的蛋白，它们都形成不典型的螺旋-环-螺旋结构(non-canonical basic-Helix-Loop-Helix (bHLH) structure)，在水稻PCF DNA结合蛋白中也发 现这种bHLH结构的存在。这种bHLH结构在结构和功能上都与经典的HLH不同， 于是将含有这种保守结构域的转录因子定义为一个新的转录因子家族——TCP 转录因子家族。（图一）TB1， CYC和PCFs 是这个家族最早的成员，除此之外， dichotoma (dich) 基因和许多功能未知的蛋白也属于这个家族。TCP 有些成员 在保守区下游还有一个保守的 R 结构域（R-domain），可能形成一个亲水性 α 螺旋。 图一、TCP 家族保守区，有些成员在保守区下游有 R-domain （摘自 Shunichi Kosugi and Yuko Ohashi, 2002） TCP 蛋白与 DNA 的结合 TCP家族的蛋白具有结合DNA和二聚化的特性。利用CYC，TB1和水稻PCF1， 2，3，5，6蛋白研究发现，TCP结构域组成的baisic helix-loop-helix (bHLH) 结构是二聚化和结合DNA所必需的。根据TCP结构域预测，拟南芥基因组编码了 24个TCP转录因子。 TCP蛋白可以分为两类：classI和classII，PCF1，2，3属于classI，PCF5， 6，7，8和 CYC，TB1属于classII。它们的DNA结合序列中有一个共同的核心序 列 GGNCCC，但两侧的二核苷酸不同。3’端与 AC 相接或 5’端与 AC 的互补序列 GT 相接。对水稻 PCF 蛋白和玉米的 TB1 蛋白进行凝胶阻滞实验（EMSAs， electrophoretic mobility shift analyses），发现寡核苷酸探针GTGGTCCCAC 能够结合所有的蛋白，突变核心序列任一个 G，C 碱基突变为 A 或 T，都造成探 针失去结合活性，这暗示了核心序列的保守性。突变 3’端 AC 和 5’端 GT 中的 任一个，会造成某些 PCF 蛋白的结合活性下降，如果两个都突变，则所有 PCF 蛋白都失去了结合活性。对拟南芥基因组的搜索表明，拟南芥中只有少数几个包 含这个共有序列的启动子。 TCP 转录因子家族在植物中的作用 金鱼草中 cyc 与 dich 基因对花的发育有很大作用。金鱼草开唇形花，两侧 ( 对称但沿背腹轴花瓣形状显著不同。cyc 和