肿瘤全基因组变异分析的意义述评.pdfVIP

诊断学理论与实践 2009年第 8卷第 1期 · 专 家 论 坛 · 肿瘤全基因组变异分析的意义评述 吕有勇， 陈 凤 (北京大学临床肿瘤学院 北京市肿瘤防治研究所 北京肿瘤分子生物学实验室 教育部癌变机理和转化医学重点实验室 ，北京 100142) 关键词 ：肿瘤 ； 基 因组 ； 变异 ； 分析 中图分类号 ：R730．231 文献标识码 ：A 文章编号 ：1671—2870(2009)Ol一0001—05 到 目前为止 ，人们对肿瘤发生机制的认识可归 二 、生物芯片和新型测序技术的进步与分子医 纳为几个基本假说 ，即基 因突变 、染色体易位 、表观 学的发展 遗传修饰和干细胞起源。其 中，基因点突变、缺失、 随着人类基因组计划的完成和生物芯片 、测序 扩增的变化 已得到较多的实验证据。但这些研究结 技术及生物信息学分析方法的快速发展 ，对肿瘤进 论是建立在仅对很少一部分基 因进行 了分析的基 行全基 因组研究成为可能 ，这将带领肿瘤研究进入 础上。可见 ，我们靠现有的知识很难真正揭示基因 一 个新时代 。基因芯片与新型 DNA测序是 2种重 变异与肿瘤 间的关系 。如需全面 了解 ，必须进行肿 要的高通量基因组学研究技术 ，对于揭示基因组 的 瘤全基因组变异分析 。 结构和功能正在发挥重要的推动作用 。其 中，生物 芯片技术作为一项新技术 。20世纪 80年代即被提 基因突变与肿瘤 出，目前该技术已 日渐成熟 ，在功能基因组 、系统生 物学 、药物基 因组的研究 中均已得到广泛应用。生 目前 的一个最主要 的假说认为 。肿瘤是 由于人 物芯片技术检测针对 的是 DNA、RNA、蛋 白质及其 体内多种特定基因发生突变累积而产生的。过去 的 他生物分子 。其可在芯片上完成一个或多个项 目的 研究往往集中于肿瘤相关的某一基因突变 ，为肿瘤 检测分析 ．使大量与生命有关的信息得以高度集 的起源及其发展进程提供了一定 的线索。然而到 目 成 ，实现了对生物分子 、细胞 、组织的高通量检测分 前为止 ．仅有一小部分的基 因变异得到证实 ，获得 析。以最常见的基 因芯片为例 ，利用基因芯片可 同 的信息非常有限。而那些在肿瘤发生 、发展过程 中 时检测人类全部基 因的表达变化 ．比较不 同生物体 起关键作用的基因变化还不 明确 。因此 ，要 回答基 及同一生物体不同阶段和状态下基因表达的异同， 因突变与肿瘤关系这一问题 ，首先需要揭示全部基 可发现在生物机体生长发育、疾病发生等的不 同过 因变异的规律。 程中的特异基因，从而实现了全面揭示这些生理和 一 、 识别基因组变异是分子医学发展的基础 病理机制的 目的。 目前 ．实现肿瘤早期诊断和提高疗效的关键在 相对于传统 的毛细管电泳测序技术 ，微流体芯 于建立和发展科学合理 的个体化诊疗策略 、方案和 片测序技术具有高通量和快速的优势。以Illumina 技术 。因此 ，需要在分子水平上全面揭示肿瘤的发 公 司 的 Solexa基 因组 分析仪 fIlluminaGenome 生 、发展 的规律 ，进一步利用这一研究成果 ，鉴定和 Analyzer)和罗