长牡蛎基因组微卫星引物的开发和特性描述.pdfVIP

第30卷 第5期 海 洋 通 报 VO1．30．NO．5 2011年 10月 M ARINESCIENCEBULLETIN 0ct．20l1 长牡蛎基因组微卫星引物的开发和特性描述 韩斐斐 2，亓海刚2 李莉2，张国范2，闫喜武 ，李慧娟 ，一，杨霏 ，王琳楠 (1．大连海洋大学，辽宁 大连 116023；2．中国科学院海洋研究所，山东 青岛 266071) 摘 要：长牡蛎于 20世纪 8O年代从日本引进中国。在我国，长牡蛎 已经成为重要的贝类养殖产业之一。本实验从全基因组上筛查 微卫星序列，在微卫星筛查的范围、数 目和类型上是传统的富集文库法开发微卫星所无法比拟的。利用基因组微卫星序列总共设计 了104对引物 ，54对引物能扩增出目的片段 ，其 中有34对引物显示多态性扩增，占32．7％，2O对引物显示单态性扩增，占19．2％。 在自然群体48个个体样本中分析了这些位点的多态性，结果表明：等位基因数目在2～8之间，观测杂合度和期望杂合度分别在O．0652～ 0．7955和0．0638～0．8534之间。34对微卫星分子标记 中有7对符合哈迪一温伯格平衡，27对或多或少的偏离平衡 。微卫星分子标 记可 以用作分子遗传育种、遗传连锁图谱的构建、种群遗传结构的分析、亲缘关系分析等方面 。 关键词：长牡蛎；微卫星；标记开发；基因组 中图分类号：Q751 文献标识码：A 文章编号：1001．6932(2011)05．0566—06 DevelopmentandcharacterizationofSSR inGenome forthePacificOysterCrassostreagigas HAN Fei．fei1,2QIHaigang，LILi，ZHANGGuo—fan ，YANXi—WU ，LIHui-juanL2， ， YANG Fei ，WANG Lin—nan (1DalianOceanUniversity,Dalian116023，China；2．InstituteofOceanology,ChineseAcademyofSciences，Qingdao266071，China) Abstract：ThePacificOyster(Crassostreagigas)wasintroducedintoChinarfom Japanin1980s．Sincethen，the PacificOysterculturehasbeenoneoftheimportantmollusksinChina．Microsatellite(SimpleSequenceRepeats． SSRs1sequenceswerescreenedfrom thewholegenome．whichhasadvantageoverthetraditionalmicrosatellite— screeningmehtodincludingthescope，numberandtypeofmicrosatellites．Primersweredesignedforonehundredand ofurSSR lociderived rfom genome microsatellite sequences．Fifty—fourprimerpairsamplified hte targetDNA rfagmentsand34primerpairswerepolymorphicinhtePacificOyster,accountingfor51．9％ and32．7％ ofthetotal designedSSR 1oci．ThepolymorphismsofhteselOCiwereanalyzedin48individualsrfom aflatural