串联质谱数据的从头解析与蛋白质的数据库搜索鉴定.pdfVIP

生物化学与生物物理学报 ISSN A C TA BIOC HIMICA et BIO P H YSICA SINICA 2000 , 32 ( 6) :595 - 600 CN 311300/ Q 串联质谱数据的从头解析与蛋白质 的数据库搜索鉴定 盛泉虎 　解 　涛 　丁达夫 ( 中国科学院上海生物化学研究所, 上海 200031) ( ) 　　摘要 　　蛋白质的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的一步。用串联质谱 tandem mass spectrometry , MS/ MS 可以进行 ( ) ( ) 多肽的从头测序 de novo sequencing , 并搜索数据库以鉴定蛋白质。用图论以及真实谱理论谱联配 alignment 的 方法对串联质谱得到的多肽图谱进行从头解析 , 得到了可靠的多肽序列 , 并应用到数据库搜索中鉴定了相应的蛋 白质。同时, 还用统计的方法对 SwissProt 以及 TrEMBL 蛋白质数据库进行了详细的分析。结果表明 , 3 个四肽或 者 2 个五肽或者 1 个八肽一般可以唯一地确定一个蛋白质。 关键词 　　蛋白质组信息学 ; 串联质谱; 数据库 ; 蛋白质鉴定 　　随着人类基因组计划接近尾声 , 蛋白质组的研 长的多肽序列可以唯一的确定一个蛋白质。 究日益受到重视。一般研究过程主要包含三个部 从串联质谱数据从头解析多肽序列 , 现在已经 分 : 分离与研究目的相关的蛋白质 ; 蛋白质的鉴 有多种方法 , 其中比较早的有 Taylor 等[3 ]提出的 定 ; 蛋白质功能的细致研究[1 ] 。其中蛋白质的鉴定 是非常重要的一步。现在 , 世界上有很多与数据库 搜索结合在一起的鉴定方法 , 如氨基酸组成、由一 级质谱得到的肽指纹图谱以及从 Edman 降解或者 串联质谱得到的多肽序列。 在蛋白质鉴定的各种方法中 , 氨基酸组成分析 概率 , 有了进展 , 但是他们没有利用实验谱中峰的 一般作为其他方法的辅助手段。肽指纹图谱鉴定的 强度信息。其实 , 实验谱峰的强度 , 也表达了这个 可靠性受酶切位点多少以及肽段质量兼并性的影 峰的可靠程度。 响。序列的匹配一向被认为是特异性最好的鉴定方 这里 , 我们先用图论的方法 , 对串联质谱得到 法。例如 N 端序列 , 一般 5 个残基就可以鉴定 80 % 以上蛋白质[2 ] 。但是 Edman 降解需要花费大量的 的多肽图谱进行从头解析 , 以便得到可能的多肽序 时间。随着质谱技术的发展 , 通过串联质谱测定蛋 列。然后采用真实谱理论谱联配的方法 , 对这种多 白质的多肽序列, 并搜索数据库成为大通量鉴定蛋 肽序列的可靠性进行了考察。使用联配的方法有三 白质的新方法。而结合肽指纹图谱等其他信息则可 个好处 : ( 1) 由于不需要把理论谱和实验谱进行整 以大大提高鉴定的灵敏度。 数化 , 有效地避免了峰的扩展 , 进而防止了峰的多 采用串联质谱测定蛋白质多肽序列并用于数据 对一现象的出现 ; (2) 联配打分考虑了理论峰出现 库搜索来鉴定蛋白质 , 涉及两个问题 ; ( 1) 如何从 的概率 , 使用“理论峰出