各地区人类嗜T细胞病毒Ⅰ型的聚类分析.pdfVIP

第 10卷 第4期 生 物信 息 学 Vo1．10No．4 2012年 12月 ChineseJournalofBioinformatics Dec．，2012 doi：10．3969／j．issn．1672—5565．2012．04．08 各地区人类嗜T细胞病毒 I型的聚类分析 吴 艳，谈承杰 ，朱 平 (江南大学 理学院，江苏 无锡 214122) 摘 要：已有相关文献表明人类嗜T细胞病毒 I型(HumanT—lymphotropicvirus1，记为HTLV—I)的分布具有区域性，本文 旨在提出不同的分析区域性的方法。首先从GenBank中选取来 自亚洲、南美洲、非洲的共20条核苷酸序列，用分子生物学软 件VectorNTISuite分析各地区序列样本内部的同源性，然后以各序列的氨基酸含量为对象，定义一个全新的公式进行同源性 分析，将该结果与其他研究者采用实验的方法的分析结果比较。结果发现不同的分析方法所得的结论均是一致的。这表明： HTLV—I病毒的分布有明显的区域性，文章采用的研究方法对其他流行病学的研究是同样可行的。 关键词 ：HTLV—I；同源性分析；氨基酸；核苷酸序列 中图分类号：00121：Q524 文献标识码：A 文章编号：1672—5565(2012)一04—264—05 TheclusteringanalysisofHTLV—Ifrom eacharea WUYan，TANCheng-jie，ZHUPing (SchoolofScience，JiangnanUniversity，WuxiJiangsu214122，China) Abstract：Objective：SomerelatedliteraturesindicatedthatthedistributionofHumanT—lymphotropicvirus1 (HTLV—I)wasregiona1．Thispassagewastoresearchtheareacharacteristicofthisvirusfurther．Method：First— ly，20 sequencesofnucleotidewhich comefrom Asia、SouthAmerica、AfricawerechoseninGenBank，molecular biologysoftwareVectorNTISuitewasusedtoanalysisthehomoloyg ofthesamplesineacharea，thenanew formu— labasedonthepurityofaminoacidwasdefinedtoanalysishomoloyg．Result：Inallsamples，ChinaandJapanbe- longedtooneclass，SouthAmericaandAfricabelongedtoanother，thiswasassameastheresultofsomerelated passages．Conclusion：TheareacharacteristicofHTLV— 1wasevident．Theresearchmethodofthispassagewas alsofeasibletotheotherepidemicdiseases． Keywords：HTLV— I；homoloyg analysis；aminoacid；nucleotidesequence T细胞病毒 I型(HumanT—lymphotropicvirus1，记 0 引言 为HTLV—I)进行研究，它是引起成人 T细胞 白血 病 (AdultT—cellleukemia，记 为 ATL)的病 原 1980年，美国学者Poiesz第一次从皮