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生物信息学新进展 ——第六届国际生物信息学和基因组研究年会综述 上海血液学研究所 李　伟　编译　　　茅 矛　校 计算机技术和人类基因组计划的发展，应运而生了一门新兴的学科——生物信息学， 该学科包含了两个交叉领域的工作：用于建立现代生物学所需信息系统框架 （支持生物学的信息管理系统、分析工具和通讯网络）的研究开发工作， 即传统意义上的生物信息学,旨在理解基本生物学问题的计算研究工作， 即计算生物学[1]。生物信息学和基因组研究（Bioinformatics and Genome Research）系列会议于1990年开始举办，1997年6月11-12日在美国加州旧金山 举办了第六届国际生物信息学和基因组研究年会，年会的主要议题包括正在出现 的新技术、基因的功能分析、新数据工具和制药导向的基因和蛋白质发现[2]。 现将有关内容简述如下： 一、正在出现的技术 T.Klingler(Incyte Pharmaceuticals, Palo Alto,CA,USA)强调基因组学正推动制 药业进入信息时代。随着不断增加的序列、表达和作图数据的产生，描述和开发 这些数据的信息工具变得对实现基因组研究的任务至关重要。他谈到了Incyte Pharmaceuticals对大规模基因组数据和生物信息学的贡献。 R. Lipshutz (Affymetrix, Santa Clara, CA, USA)描述了一种利用DNA探针阵列得到基因组的方法，其原理是通过更有效的作图方法，监 视表达和筛选多态性，可以实现对人类基因组测序的效果。光介导的化学合成法被应用于 制造小型化的寡核苷酸探针的高密度阵列，这种基于软件的寡核苷酸探针阵列设计可用于 多态性筛查、基因分型和监视表达。然后这些阵列就可以直接用于并行DNA杂交分析， 以获得序列、表达和基因分型信息。A.Milosavljevic(CuraGen, Branford, CT, USA)介绍了一种新的基于专用定量表达分析方法的基因表达和监视系统，以及一种发现基 因的系统GenScape。为了有效地抽样表达，特意制作片段模式以了解特定基因的子序列的 发生和丰富程度。他在酵母差异基因表达的大规模研究中对该技术的性能进行了证明，并 论述了该技术在基因的表达、生物功能与疾病的基础研究中的应用。 二、基因的功能分析 C.Overton(University of Pennsylvania School of Medicine, Philadelphia, PA, USA)论述了人类基因组计划的下一阶段的任务——基因功能的基因组水平的分析。这 一阶段产生的数据的分析、管理和视觉化将毫无疑问地比第一阶段更为复杂。他介绍了一 种设计用于脊椎动物红系发生的功能分析的原型系统EpoDB，它包括了用于集成数据资源 的Kleisli系统和建立internet或intranet上视觉化工具的bioWidget图形用户界面。 EpoDB有可能指导实验人员发现不可能用传统实验方法得到的红系发育的新的药物靶， 这是为制药业所感兴趣的方面。 A.Sali(Rockefeller University, New York, NY, USA)讨论了同源蛋白质结构建模。 比较蛋白质建模(comparative protein modelling)也称为同源建模(homology modelling)，即利用实验确定的蛋白质结构为模板来预测另一种具有相似氨基酸序列的蛋 白质（靶）的构象。此方法现在已经具有了足够的精确性，并且被认为效果良好，因为蛋 白质序列的一个微小变化通常仅仅导致其三维结构的细微改变。 P.Babbitt(University of California, San Francisco, CA, USA)讨论了通过数据库搜索来识别远缘蛋白质的方法。对蛋白质超家族的结构和功能 的相互依赖性的理解，要求了解工程化入一个特定结构模板的本质的隐含限制。蛋白质结 构之间的最有趣的关系经常在分歧的序列中得以表现，因而区分得分低(low-scoring)但 生物学关系显著的序列与得分高而生物学关系较不显著的序列是重要的。Babbit证明了 通过使用BLAST检索，可以在数据库搜索的低得分区识别远缘关系 (distant relationship)。M. Levitt(Staanford University, Palo Alto, CA, USA)讨论了蛋白质结构预测和一种单纯从序列数据对功能自动建模的方法。基因 功能取决于基因编码的蛋白质的三级结构，但数据库中蛋白质序列的数目每18个月 翻一番。为了确定这些序列的功能，结构必须确定。同源建模和从头折叠(ab initio folding)方法是两种现有的互为补充的蛋白质