CyclinD1二级结构预测的GOR、PHD、SOPMA方法比较.pdfVIP

C y c l i n D 1 二 级 结 构 预 测 的 G O R 、 P H D 、 S O P M A 方 法 比 较 邓 施 敏 生 物 技 术 与 生 物 信 息 0 3 0 6 3 2 0 1 0 3 0开 题 背 景 蛋 白 质 的 二 级 结 构 预 测 是 当 前 生 物 信 息 学 的 一 个 重 要 研 究 内 容 。 众 所 周 知 , 各 种 生 命 活 动 是 通 过 蛋 白 质 实 现 的 , 要 深 入 研 究 蛋 白 质 的 功 能 , 就 必 须 研 究 其 结 构 信 息 。 细 胞 周 期 调 控 蛋 白 D 1 ( C y c l i n D 1 ) 是 一 明 确 的 原 癌 基 因 , 过 度 表 达 使 细 胞 生 长 对 有 丝 分 裂 原 和 黏 附 信 号 的 需 求 降 低 , 最 终 引 发 肿 瘤 。 因 此 , 对 C y c l i n D 1 二 级 结 构 的 研 究 对 肿 瘤 学 的 研 究 有 重 要 作 用 。开 题 背 景 蛋 白 质 的 序 列 与 蛋 白 质 的 结 构 存 在 一 种 对 应 的 关 系 , 这 是 目 前 蛋 白 质 结 构 预 测 的 一 种 前 提 性 假 设 。 P H D 、 G O R 、 S O P M A 分 析 工 具 是 基 于 以 上 的 思 想 而 设 计 的 蛋 白 质 在 线 预 测 工 具 , 预 测 准 确 性 比 较 高 。 但 由 于 各 种 工 具 所 运 用 的 方 法 和 原 理 有 所 不 同 , 得 出 的 预 测 结 果 也 不 是 完 全 一 致 的 , 存 在 一 定 的 偏 差 。 因 此 , 需 要 对 其 进 行 综 合 分 析 。研 究 目 的 在 学 习 了 蛋 白 质 序 列 检 索 、 蛋 白 质 基 本 性 质 分 析 、 蛋 白 质 功 能 预 测 、 蛋 白 质 二 级 结 构 及 空 间 结 构 预 测 等 课 程 的 基 础 上 , 学 习 掌 握 蛋 白 质 序 列 检 索 的 操 作 方 法 。 熟 悉 蛋 白 质 序 列 检 索 的 操 作 方 法 ; 熟 悉 蛋 白 质 基 本 性 质 分 析 ; 熟 悉 蛋 白 质 结 构 预 测 多 种 方 法 的 比 较 。原 理 和 方 法 一、 B i o E d i t 软件 B i o E d i t 软 件 中 对 氨 基 酸 平 均 疏 水 性 采 取 了 K y t e a n d D o o l i t t l e 的 方 法 。 该 方 法 根 据 实 验 数 据 为 2 0 种 氨 基 酸 编 译 了 一 套 氨 基 酸 的 疏 水 性 得 分 , 然 后 对 给 定 的 氨 基 酸 序 列 自 定 义 一 个 窗 口 , 窗 口 沿 着 序 列 扫 描 , 将 窗 口 的 氨 基 酸 的 疏 水 得 分 相 加 再 除 以 窗 口 长 度 , 所 得 的 得 分 即 为 窗 口 中 心 残 基 的 疏 水 得 分 。二 、 G O R 方 法 G O R 方 法 将 蛋 白 质 序 列 当 作 一 连 串 的 信 息 值 来 处 理 。 不 仅 考 虑 了 被 预 测 位 置 本 身 氨 基 酸 种 类 的 影 响 , 而 且 考 虑 了 相 邻 氨 基 种 类 对 该 位 置 的 构 象 的 影 响 。 G O R 针 对 长 度 为 1 7 的 残 基 窗 进 行 二 级 结 构 预 测 。 对 序 列 中 的 每 一 个 残 基 , G O R 方 法 将 它 N 端 相 邻 的 8 个 残 基 和 C 端 相 邻 的 8 个 残 基 与 它 放 在 一 起 考 虑 。三 、 P H D 方 法 P H D 方 法 是 一 个 双 层 的 神 经 网 络 方 法 , 第 一 步 工 作 是 形 成 同 源 的 多 重 对 比 排 列 , 并 对 每 一 个 比 对 的 位 置 进 行 统 计 分 析 ; 第 二 步 工 作 是 将 得 到 的 多 重 比 对 的 统 计 结 果 送 到 一 个 神 经 网 络 中 。 第 一 层 网 络 进 行 序 列 到 结 构 的 映 射 。 第 二 层 网 络 是 一 个 从 结 构 到 结 构 的 映 射 。四 、 S O P M A 方 法 5 种 相 互 独 立 的 方 法 进 行 预 测 , 并 将 结 果 汇 集 整 理 成 一 个 “ 一 致 预 测 结 果 ” 。 首 先 建 立 了 已 知 二 级 结 构 序 列 的 次 级 数 据 库 , 库 中 的 每 个 蛋 白 质 都 经 过 基 于 相 似 性 的 二 级 结 构