MutationSurveyor在插入／缺失杂合子突变分析中的应用.pdfVIP

浙江农业学报ActaAgriculturaeZhejiangensis，2012，24(6)：961-968 http：／／www．zjnyxb．cn 宋雪梅，姜俊芳，蒋永清．MutationSurveyor在插~k／缺失杂合子突变分析中的应用[J]．浙江农业学报，2012，24(6)：961 — 968． MutationSurveyor在插入／缺失杂合子突变分析中的应用 宋雪梅，姜俊芳，蒋永清 (浙江省农业科学院 畜牧兽医研究所，浙江 杭州 310021) 摘 要：结合实例简述了MutationSurveyor软件在碱基替换和插入／缺失突变，尤其是插入／缺失杂合子突变 研究中的应用。以浙江省余杭湖羊场和屠宰场 144头湖羊为试验材料，采用 PCR—SSCP和测序的方法检测干 扰素刺激基因(ISG15)基因5侧翼区序列，并利用MutationSurveyor软件分析其遗传多态性。PCR—SSCP检测 结果显示ISG15基因5侧翼区PCR-SSCP带型非常复杂 ，无法直接判定个体的基因型。利用MutationSurvey— or软件分析发现湖羊ISG15基因5侧翼区存在 152C／T，158dupC和239C／T3种突变。其中152C／TC等 位基因频率为0．83，为低度多态的分子标记；158dupC等位基因频率为0．5125，239C／TC等位基因频率为 0．7675，均为中度多态的分子标记。除239C／T外，152C／T和 158dupC均处于 Hardy—Weinberg平衡状态 (P 0．05)。试验结果显示MutationSurveyor软件在分析插入／缺失杂合子突变的测序结果时有较大优势，可用 于碱基替换和插入／缺失SNPs的通量筛选和分析。 关键词：MutationSurveyor；InDel；ISG15；湖羊 中图分类号：S823．2 文献标志码：A 文章编号：1004—1524(2012)06-0961—08 Application ofM utation SurveyorinanalyzingheterozygousInDel SONGXue—mei，JIANGJun·fang，JIANGYong-qing (InstituteofAnimalHusbandryandVeterinary，ZhefiangAcademyofAgricuhralScicences，Hangzhou30021，China) Abstract：ThepresentstudyaimedtoshowtheapplicationofMutationSurveyorinanalyzingnucleotidesubstitutions andInDelwithna instance．ThepolymorphismsinISG155 flankingsequenceswereanalyzedfor144Husheepfrom YuhangHusheepfarm and slaughterhouse bypolymerasechainreaction—singlestrandconformationpolymorphism (PCR—SSCP)technique，DNAsequencingandMutationSurveyorsoftware．PCR—SSCPanalysisshowed1SG155 flankingsequencesbandsweretoocomplextodeterminegenotypedirectly．TheanalysisresultofMutationSurveyor foundtherewerethreepolymorphisms，152C／T，158dupC and239C／T，inISG155 flankingregion．Therfequen- cyofalleleCinloci152was0．83showinglowpolymorphism (PIC =0．2424)．TherfequencyofalleledupCinlo— ci158was0．5125showingmediatepolymorphism (PIC = 0．3748)．T