2012值得关注的技术单倍体因果突变.pdfVIP

2012 值得关注的技术：单倍体因果突变 高通量测序技术的快速发展将研究焦点从数据获取转移到了数据解读。人类基因组领域的研究人员 在初级序列分析方面获得了很大的进步——不仅能针对短片段，单核苷酸多态性，插入缺失进行图谱绘 制，甚至可以解析更复杂的结构突变。 《Nature Methods 》盘点 2011 年度技术，选出 2011 年取得了个体单体型基因组分析的一些 了最受关注的技术成果：人工核酸酶介导的基因组 成果，比如来自马普研究院的 fosmid 克隆高通量 编辑（genome editing with engineered nucleases ）技 测序，以及由斯坦福大学等处的研究人员完成的首 术。 个个人单体型分析成果。这篇发表于 Nature Biotechnology 杂志上的成果，与其它文章一道，介 除了基因组编辑以外，《Nature Methods 》也整 绍了几种测定出个人单倍型的新方法，这将可用于 理出了 2011 年最值得关注的几项技术，分别为： 揭示某些疾病的遗传原因，并应用于医学诊断。 单细胞技术（Single-cell methods）、功能基因组资 源（Functional genomic resources ）、糖蛋白组学 其中来自华盛顿大学的研究人员在 40 万个碱 （Glycoproteomics ）、单倍体因果突变（Causal 基增量中对单体型分辨基因组进行了测序。来自斯 mutations in a haploid landscape ）、单层光生物成像 坦福大学的研究人员对来自单细胞的单倍染色体 （Imaging life with thin sheets of light ）、非模式生物 进行了基因分型。 （Non –model organisms ）、光基础电生理学 在第一项研究中，研究人员利用了一个带有 4 （Light-based electrophysiology ）和RNA 结构（RNA 万个插入碱基的印度人基因组 DNA fosmid 文库， structures ）。 将其裂解生成了 115 个包含超过 5000 个克隆的混 高通量测序技术的快速发展将研究焦点从数 合池。这些混合池 99%衍生于同源染色体的其中一 据获取转移到了数据解读。人类基因组领域的研究 条染色体序列，每个混合池均覆盖大约 3%的基因 人员在初级序列分析方面获得了很大的进步—— 组。在对这些混合池进行测序后研究人员确定了 不仅能针对短片段，单核苷酸多态性，插入缺失进 40 万个碱基的单体型，证实其与目前单体型图计 行图谱绘制，甚至可以解析更复杂的结构突变。 划（HapMap ）取得的99%的结果相关联。 但是这方面仍然存在两个挑战，第一个是确定 另外一个研究组取得了一些基础的种群遗传 单体型——个体基因组中每个染色体中各自的序 学研究结果，找到了过去在 HapMap 或千人基因组 列，尤其是没有相关基因组信息的情况下。其次是 计划中未发现的单体型，并证实其富集于一些新型 分析所有已发现的突变的功能作用，并从中找到与 变异中。此外研究人员还改良了从头基因组组装技 疾病相关的突变。 术。近期针对个体基因组的鸟枪测序数据揭示了一 些从前在参考基因组中未发现的序列。研究人员将