人PSF蛋白结合长非编码RNA的筛选及鉴定.pdfVIP

2011年 7月 四川大学学报 (自然科学版) july． 2O1l 第 48卷 第 4期 JournalofSichuanUniversity (NaturalScienceEdition) Vo1．48 NO．l doi：103969／j．issn．0490—6756．2011．04．035 人 PSF蛋白结合长非编码 RNA 的筛选及鉴定 兰 洋 ，王慧娟 ，刘 涛 ，李 灵 (1．四川I大学生命科学学院功能基因组实验室，成都 610064； 2．海南医学院海南省热带病重点实验室 ，海 口571101) 摘 要 ：通过 RNA亲和层析 (RNAaffinitychromatograph)，4种可能与人 PSF(humanpoly— pyrimidinetract—bindingprotein—associatedsplicingfactor，hPSF)蛋 白结合 的长非编码 RNA (1ongnon—codingRNA，lncRNA)片段在人黑色素瘤细胞 yusac细胞核 RNA文库 中被筛选得 到．它们分别定位于人 内源性逆转座子 L1PA16、MER11C、非编码基 因MALAT-1以及一个 未知基 因(unknowngene)．紫外交联分析 (UVcrossqinkingassay)证 明在体外条件下这 4种 lncRNA片段均能与 PSF蛋 白结合 ；RNA免疫沉淀 (RNA immunoprecipitation，RNA—IP)进 一 步证 实在体 内条件下这 4种 lncRNA 均能与 hPSF发生相互作用．最后，半定量 RF—PCR 表 明，未知 lncRNA特异高表达于人黑色素瘤细胞 ，其余 3种 lncRNA在多种人类肿瘤细胞中 的丰度均较正常细胞明显升高． 关键词 ：人 PSF蛋 白；长非编码 RNA；RNA亲和层析 中图分类号 ：Q522 文献标识码 ：A 文章编号 ：0490—6756(2011)04—0910—07 Screeningandidentificationofhumanpolypyrimidinetract—binding protein。。associatedsplicingfactor(PSF)--bindinglongnon。c‘odingRNAs LAN Yang ，WANG Hui—J“Ⅱn ，LIU Tao ，LILing ’ (1．DepartmentofFunctionalGenome，CollegeofLifeSciences，SichuanUniversity，Chengdu610064，China 2．HainanProvincialKeyLaboratoryofTropicalMedicine，HainanMedicalSchool，Haikou571101，China) Abstract：FourhPSF (humanpolypyrimidinetract—bindingprotein—associatedsplicingfactor)一bindingIn— cRNA (1ongnon—codingRNA)fragmentswereisolatedbyRNA affinitychromatographfrom anuclear RNA libraryofhumanyusacmelanomacellline．Theymap toretrotransposonL1PA16andMER1lC， non—codinggeneMAlLAT_1andanunknowngene，respectively．UV cross—linkingassayconfirmedthat thefourlncRNAsbindtohPSF vitro．RNA—immunoprecipitation (RNA～IP)demonstratedthatthey alsoform lncRNA／hPSFproteincomplexesinvivo．A screenof9humantumor