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z72 J r益 gAg．曹Bi。懿i 20Doe8c年．。l2200月8
文章编号：1008—3464(2008)04—0299—05
猪细小病毒主要非结构蛋白与结构蛋白
的密码子偏爱性分析
赵武，李斌，梁家幸，梁保忠，姚瑞英，黄安国，何颖，蒋玉雯
(广西兽医研究所 病毒研究室，广西 南宁 530001)
摘要：通过分析 猪细小病毒 (porcineparvovirus，PPV)主要 非结构蛋 白 (non-structuralprotein，
NS1)及结构蛋 白 (VPl、VP2)的密码子偏爱性，为三种蛋 白基因表达中宿主系统的选择提供参考。运用
EMBOSS (TheEuropeanMolecularBiologyOpenSoftwareSuite) 的 CHIPS (CodonHeterozygosityina
ProteinCodingSequence)和CUSP (Createacodonusagetable)程序对 PPV的NS1、VP1和 VP2蛋白基
因进行分析，并将分析结果与大肠杆菌、酵母及人的密码子偏爱性进行比较。结果显示，PPV 的NSI、
VP1、VP2基因的Nc(Effectivenumberofcodons)值分别为 39．696、36．638和36．482，表明三种蛋 白存
在较明显的密码子偏爱性，并且均偏爱选择第三位核苷酸为A的密码子。PPV三种蛋 白与大肠杆菌、酵母
及人的密码子偏爱性也有一定差异，其中与酵母的密码子偏爱性差异最小，其表达系统选择酵母较为合适。
关键词 ：猪细小病毒 ；非结构蛋 白；结构蛋 白；密码子偏爱性
中图分类号：$852．659．2 文献标识码 ：A
Codon preferenceanalysisofprincipalnon—structuralandstructural
proteinsofporcineparvovirus
ZHAO Wu，LIBin，LIANG Jia-xin，LIANG Bao—zhong，YAO Rui—ying，
HUANGAn-guo，HEYing，JIANG Yu-wen
(DepartmentofVirology，GuangxiVeterinaryResearchInstitute，Nanning530001，China)
Abstract：Inordertoanalyzecodonpreferenceofprincipalnon-structuralprotein (NS1)and
structuralprotein (VP1，VP2) ofporcineparvovirus (PPV) and search forapreferentialhost
systemsforgeneexpression．Coding sequencesofthree proteinsofPPV wereanalyzed by codon
heterozygosity in aprotein coding sequence (CHIPS) and createa codon usage table (CUSP)
programsofEMBOSS．TheresultswerecomparedwithEscherichiacoli，yeastandhuman’Scodon
usage．ResultsshowedthattheNcvaluesofNS1，VP1andVP2were39．696，36．638and36．482，
respectively，and there were distinct differences in codon preference among NS1， VP1 and
VP2．Preferencesoftheseproteinswerealsodifferentfrom thoseofE．coli，yeastandhuman，but
wereclosesttothatofyeast，andyeastshouldbeusedastheexpr
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