多体问题在GPU上实现的讨论-上海超级计算中心.pdfVIP

2 《高性能计算发展与应用》 2011年第一期 总第三十四期 多体问题在GPU上实现的讨论  徐 上海超级计算中心磊 上海 201203 lxu@  徐 上海超级计算中心莹 上海 201203 yxu@ 摘要： 多体问题(N-body)是一般力学的基本问题之一，N表示任意正整数。它研究N个质点在互 相作用下的运动规律。本文结合两个有广泛应用价值的多体并行计算软件——分子动力学计算 模拟软件LAMMPS和天体多体物理模拟软件Gadget，分析其基本算法和实现，讨论这两个有代 表性的并行计算软件在GPU这种常见的加速部件上移植的基本思路。 关键词：多体问题，分子动力学，天体多体问题，并行算法，GPU 1.引言 力相当于201Gflops单精度的浮点运算能力。 多体问题(N-body)是力学的基本问题之一，又称 Cray XD1是基于60个SMP节点集群。每个节点 为N体问题，N表示任意正整数。它研究N个质点之 上有2个 AMD Opteron的处理器和4GB的内存。Cray 间互相作用的运动规律。简单的说，多体问题是计 XD1峰值的计算能力是 528 GFlops。不同于一般的 算场中的多个粒子之间的相互作用及其运动轨道， cluster的是，每个节点上有六个 它是最具普适性的力学问题之一。当粒子为宏观的 (XC2VP50)和 。针对规模 天体时，天体多体模拟计算是当前研究星系以及宇 较小的直接的N-body问题(N=8000)，在Cray XD1单节 宙结构形成的主要途径。当粒子为微观的分子、原 点FPGA上FPGA计算性能是27Gflops，单个FPGA相当 子时，多体问题即表现为广为人知的分子动力学问 于在CPU上计算能力的35倍。 题，由于分子动力学可以预测纳米尺度上材料动力 多体问题也是对高性能计算机体系结构有着重 学特性，它在物理、化学、生物、医药、新材料设 要影响的问题之一，其代表首推日本东京大学、理 计等领域有着广泛的应用。分子动力学模拟也是当 化研究所等机构联合研制的GRAPE系列多体模拟 前国内外高性能计算领域十分重要和活跃的研究领 专用超级计算机。GRAPE系列的基本思路是开发专 域之一。 门用于计算粒子间引力作用的全流水化处理器替代 多体问题有着广泛的应用领域，并因其应用的 通用处理器，获得了巨大的成功。除了在应用领域 重要性和实际计算的复杂性一直是高性能计算的主 获得一系列有影响的研究成果外，基于GRAPE的 要热点之一。国际上，在日本于2006年启动的下一 计算已七次获得国际超级计算应用的最高奖Gordon 代PFLOPS超级计算机的研制计划所选定的21个机器 Bell奖。日本KF Computing公司于2006 Research年 体系结构benchmark软件中，多体模拟即作为物理科 3月推出了专门用于多体模拟的新一代GRAPE-7系 学的两个典型问题之一名列其中。在国内，上海超 统，单个处理器性能达到了600GFLOPS；而源于 级计算中心目前运行的多个应用中，基于多体问题 GRAPE-6用于大型蛋白质和染色体组模拟的“蛋白 的数值模拟无论是应用范围还是应用规模均一直居