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浅谈蛋白质组学及其发展趋势 基础医学院 2004 级 生物物理专业 刘昭飞 摘要：人类基因组计划的完成宣告了后基因组时代的到来，蛋白质组学作为后基因时代的重 要组成部分，正成为科学家们竞相研究的热点。本文简要介绍了蛋白质组学的概念，研究的 基本技术以及其应用和发展前景。 关键词：蛋白质组 双向凝胶电泳 质谱 前言: 人类基因组计划（HGP ）是美国科学家于 1985 年率先提出的，旨在利用大规模测序技术, 完成全部人类数万个基因,30 亿对碱基的序列分析；发现所有人类基因并搞清其在染色体上的 位置,破译人类全部遗传信息，使人类第一次在分子水平上全面地认识自我。计划于 1990 年 正式启动。2000年 6月 26日是人类历史上值得纪念的一天。人类基因组的工作草图已经绘制 完毕并于这天向全世界公布。2003 年 4 月 14 日完成了基因全图。 然而随着人类基因组计划的完成，科学家们发现越来越多的问题呈现在我们面前。DNA 作 为遗传信息的载体,但真正细胞生物功能的承担者是蛋白质。对基因的识别远不足以全面认识 蛋白质的功能[1]:(1)特定的 DNA 序列并不一定表示对应的蛋白质,单个基因可以编码多种不 同的蛋白———这些差异是通过mRNA转录的替代片段,或通过改变翻译的起始或终止,或通过 mRNA翻译过程中不同三联密码的框移而实现,而且DNA序列不足以说明蛋白质的结构功能和细 胞学定位。蛋白质比核酸更为复杂,蛋白质合成后经过一系列环境依赖的修饰作用,如磷酸化, 糖基化,加乙酰基,泛素化,硫化,以及其他多种修饰方式,发生复杂多样的变化。(2)单纯的 DNA 密码子也不能提示蛋白质之间如何互相作用,如何进入细胞网络,如何在细胞器上发挥作用。 (3)事实上,早在 DNA/RNA 表达发生变化前,蛋白质信号通路的激活就可以迅速导致细胞游走、 死亡、转化。这些问题很难从基因组研究水平解决,所以分子医学发展到第三个阶段,蛋白质 组学应运而生。 一：蛋白质组学 蛋白质组的概念最早是由 Williams 于 1995 年提出[2]。指全部基因表达的全部蛋白质及其 存在方式，是一个基因组，即一个细胞，一个组织或个体所表达的全部蛋白质成分。蛋白质 概念的提出是基因组的一个逻辑性的发展和延伸。蛋白质组是对应于一个基因组的所有蛋白 质构成的整体，而不是局限于一个或几个蛋白质。由于同一基因组在不同细胞，不同组织中 的蛋白质表达情况各不相同，即使同一细胞，在不同的发育阶段，不同的生理条件甚至不同 的环境影响下，其蛋白质的存在状态也不尽相同。因此，蛋白质组是一个空间和时间上动态 变化着的整体。 蛋白质组学是以蛋白质组为研究对象，是在人类基因组计划研究发展基础上形成的新兴 学科，主要是在整体水平上研究细胞内蛋白质的组成和活动规律。 蛋白质组学研究内容包括：（1）蛋白质鉴定：可以利用一维电泳和二维电泳并结合Western 等技术，利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究。（2 ）翻译 后修饰：很多 mRNA 表达产生的蛋白质要经历翻译后修饰如磷酸化，糖基化，酶原激活等。 翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式，因此对蛋白质翻译后修饰的研究对阐明蛋白质的 功能具有重要作用。（3 ）蛋白质功能确定：如分析酶活性和确定酶底物，细胞因子的生物分 析/配基-受体结合分析。可以利用基因敲除和反义技术分析基因表达产物-蛋白质的功能。另 外对蛋白质表达出来后在细胞内的定位研究也在一定程度上有助于蛋白质功能的了解。（4 ） 对人类而言，蛋白质组学的研究最终要服务于人类的健康，主要指促进分子医学的发展。如 寻找药物的靶分子。很多药物本身就是蛋白质，而很多药物的靶分子也是蛋白质。药物也可 以干预蛋白质-蛋白质相互作用。 二：蛋白质组学研究的主要技术 蛋白质组学研究主要涉及有两方面的内容：一是研究蛋白质组的组成成分，即表达蛋白 质组学；二是研究蛋白质组的功能，即功能蛋白质组学。蛋白质组学研究的支撑技术主要有 双向凝胶电泳技术和以质谱为代表的蛋白质鉴定技术，以及生物信息学技术。 1.双向凝胶电泳技术(2-DE) 双向凝胶电泳技术由