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一种用于生物序列多重比对的共进化算法木
张树波1’ 赖剑煌2’
I巾“1人学数学与il茆科学学院广州，51t)2．75)2’(·t-IJ。1人学信息技术与科学学院J’州，jⅢ27j)
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摘要生物序列的比对是生物信息学的-‘项基础性I：作，通过序列比对，i：计算J≯列之『uJ的年1I似性，有助丁‘摊断，上物分子的结构和
功能。序列的多艰比对是对多条生物J弘列进{J：比对；可以发现序列巾存在的保守模式，从而研究J≯列之间的进化火系。小文基’
于传统的遗传算法，捉…了。利，片j丁．生物J卜列多币．比对的JE进化算法，在遗传算子巾引进了’‘利·保铘机制，使得适应度高的序
列和位点能够完整地{譬给子代。实验结果娃永，水文的办法能够彳丁效地找：f；序列巾的保守位点。
关键词生物序列 多重比对遗传算法共进化算法保守位点
Aco-evolutionfor biological
algorithmmultiple sequencesalignment
shubo”Lai
Zharig jianhuan92’
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oflrl／ormationScienceTechnology．SunUmversity．Guang：hou,5|0275)
～
Abstract workin the
isthebasic between
Alignmentofbiologicalsequence bioinformatics，calculating
similaritybiologicalsequences
call thestructureandfunction isaimedto some can
helpinferring ofthem．Multiplesequencealignment align sequences，whichprovide
intotheevolution novel
different the CO-evolution-basedis to
insight relationshipamong sequences．Inpresentpaper,a algorithm
proposed
dealwith reservedmechanismisintroducedtomakesurethe andsiteswith fitnessvalue
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