基因测序的半导体时代.pdfVIP

最新技术让 “l000美元 测出基 因组”的梦想离我们 越来越近 了。 撰文 周林文 Proton所用的芯片 11年前完成的人类基因组计划 ，至今仍是生物学领域 l0余 不 同颜色的荧光代表不 同的碱基，经过光栅分光后，荧光 年来最重大的事件 。 会投射到摄像机上 同步成像 ，经计算机软件分析后 ，显示出测 这个和 “曼哈顿计划”、“阿波罗计划”相提并论的研究项 目， 序结果 。使用这种荧光标记的测序仪体积庞大、造价高昂，而 不仅让科学家能够对人类基因组序列进行解读，而且因为这个 且测序所使用的试剂也价格不菲。另外，由于在测序后期，需 计划而出现的基 因测序技术，极大推动了生物学的发展 ，开启 要通过计算机对荧光信号进行分析 ，所 以整个测序所花的时间 了基因组学这个研究领域。 也比较长 。 人类基 因组计划长久留在人们记忆中的另一个原因是 。由 为了降低成本 ，使基 因测序更快、更准确 ，科学家一直在 美国、英国、法国、德国、日本和中国的科学家组成的国际测 努力改进测序方法 ，提出了多种新技术，而 目前较被看好的是半 序 团队，与J·克雷格测·文特尔 (J半．Crag．Venter)领导的赛莱拉 导体测序仪，比如美国生命技术公司 (I~feTechnologies)研制的 公司展开的一场激烈竞争。 IonTorrentProton。在很多专家看来 ，基于半导体技术的测序仪 当时，国际团队采用的是循规蹈矩的策略：首先把基因组 “切 的出现 ，意义堪 比当年台式个人电脑之于计算机 的普及 ，在未来 基园序的体导代时 成”若干片段 ，构建基因片段克隆库 ，然后对各个片段进行测 有可能实现1000美元测 出基因组序列的 目标。 序、组装 ，得 出人类基因组序列。而文特尔采用了更大胆的策略： 半导体测序仪又称个人化测序仪，或 “椅上型”测序仪 “鸟枪法”，也就是绕过克隆库的构建，直接将基因组分解成若 (bench-topsequencer)，大小与台式计算机相当，价格也大幅下 干小片段，随机测序，最后利用超级计算机进行分析 ，组装基 降。这种测序仪 的基本原理，是探测DNA合成过程 中pH值的 因组序列。虽然文特尔的测序工作启动较晚，但他的方法更快 变化 。 速 ，逐渐赶上并超越 了国际团队，据说最后还是当时的美国总 在 自然条件下，DNA在合成时，脱氧核糖核苷三磷酸 统布什出面，才说服文特尔和国际团队同时在 《自然》和 科《学》 (~vrP，其中的N代表4种碱基中的任意一种)要与模板DNA 上发表测序结果。 链结合，需要形成共价键，释放焦磷酸根和氢离子。只有与模 不过 ，尽管文特尔的方法更快速 。但基本技术和 国际 板链上的碱基相匹配时，dNTP才能结合上去。离子半导体测序 团队是一样的，都是 自动毛细管电泳测序技术 (capillary耐 仪就是根据这个原理，通过检测样品中有没有产生氢离子，来 electrophoresis，CE)。这种技术的基本原理是，利用4种荧光染料， 断定dNTP是否与模板DNA链结合。 分别标记A、C、G、T4种碱基 。在测序过程中，由激光器发出 测序仪的半导体芯片上有微孔，每个微孑L里都装着一个待 极细的光束，射向带有荧光标记的DNA片段，DNA片段上的荧 测的单链DNA模板和一个DNA聚合酶 。测序过程中，含有任意 光基团吸