基于分子对接的洋葱假单胞菌脂肪酶催化制备R-N-（2-甲基-6-乙基苯基）丙氨酸的分子机制.pdfVIP

第 11卷第 4期 生 物 加 工 过 程 Vo1．11No．4 2013年 7月 ChineseJournalofBioprocessEngineering Jn1．2013 doi：10．3969／j．issn．1672—3678．2013．04．009 基于分子对接的洋葱假单胞菌脂肪酶催化制备 一 Ⅳ一(2一甲基一6一乙基苯基)丙氨酸的分子机制 林 明 ，江 凌 ，胡 赕 ，张 洋 ，刘维明 (1．南京工业大学 食品与轻工学院，南京 211800； 2．南京工业大学 生物与制药工程学院，南京 211800) 摘 要 ：采用分子对接方法，研究了洋葱假单胞菌脂肪酶(BCL)不对称酯水解制备光学纯的N一(2一甲基一6一乙基 苯基)丙氨酸 (NEMPA)的分子机制。通过将立体 电子效应的构象约束条件引入计算机分子对接中，在 Autodoek 4．2软件中筛选到不同烷基链长的( ，S)一NEMPA与BCL活性 口袋合适的反应型构象，对实验数据进行了合理解 释 ；基于能量最优 、空间互补原则，预测 了Val266和 Leu287为调控 BCL对映体选择性的关键氨基酸位点，为定点 突变提高BCL的对映体选择性提供 了理论指导。 关键词 ：洋葱假单胞菌；对映体选择性；N～(2一甲基一6一乙基苯基)丙氨酸；脂肪酶；分子对接 中图分类号 ：Q71 文献标志码 ：A 文章编号 ：1672—3678(2013)04—0409—06 MolecularbasisforpreparationofR-N-(2-ethy1-6-methylpheny1)alanine catalyzedbyBurkholderia cepacia lipaseusingmoleculardockingmethod LINMing ，JIANGLing一，HUYi，ZHANGYang ，LIUWeiming (1．CollegeofFoodScienceandLightIndust~，NanjingUniversityofTechnology，Nanjing211800，China； 2．CollegeofBioteehnologyandPharmaceuticalEngineering，NanjingUniversityofTechnoloyg，Nanjing211800，China) Abstract：TheenantioselectivebehavioroftheBurkholderiacepacialipase(BCL)towardsN一(2一ethyl-6一 methylpheny1)alanine(NEMPA)fromthecorrespondingracemicestersinesterhydrolysiswasfirstly investigatedthroughmoleculardocking．Herein，anovelmoleculardocking (MD)procedurewas presentedbyexploitingstereo-sensingmechanism toinvolvethestereoelectronictheory，whichwasapplied tofindprobablebindingmodesofthe(R，S)一NEMPAesterswithdifferentalkylchainlengthsinsidethe catalyticcavity，thusrationalizingthe experimentaldataatan atomicleve1．Basedon theprinciplesof energyoptimization and space complementarity，wehypothesize thatmutationsdesigned to affectthe mobilityof eitherVa1266 or Le