基于相对密码子频率的芜菁花叶病毒基因组序列的进化分析.pdfVIP

第8卷 第2期 生 物 信 息学 V01．8 No．2 2010年 6月 ChinaJournalofBioinformatics Jun．，2010 基于相对密码子频率的芜菁花叶病毒基因组 序列的进化分析 周神 ，陈洪俊 ，李明福 ，易丽萍 ，刘选明 ，谭钟扬 (1．湖南大学，长沙410082；2．中国检验检疫科学研究院，北京 10022) 摘要：现有92株芜菁花叶病毒(TuMV)的全基因组序列 已在GenBank报道，据分析报道其中58株不含重组序列。利用系统 聚类法对92株TuMV的全基因组序列和58株TuMV全基因组序列的相对密码子频率RSCU值进行聚类分析。同时利用系 统发育分析方法分析了这92株和58株TuMV全基因组序列。结果发现，92株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系 统进化树的一致度很低；而不含重组序列的58株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度却非常高，且 与寄生宿主类型基本对应。这表明在不存在重组的情况下，TuMV密码子频率的偏性可能是宿主内的一种选择压力，影响 TuMV基因组的点突变进化方向，促使TuMV适应宿主内环境。 关键词：芜菁花叶病毒；密码子偏性；聚类 中图分类号：Q51 文献标识码 ：A 文章编号：1672—5565(2010)一02—142—06 Evolutionaryanalysisofturnip mosaicvirusgenomic sequencesbasedon synonymouscodon usage ZHOUYi，CHENHong-jun，LIMing．fu，YILiping，LIUXuan—uring，TANZhong—yang (．HunanUniversity，Changsha410082，China；2．ChineseAcademyofinspectionandQuarantine，Beijing100022，China) Abstract：Fullgenomesequencesof92Turnipmosaicvirus(TuMV)isolateshavebeenreponedintheGenBank，58outofwhichwere reposedtobenon—recombinants．TheCodonusagebiashasbeeninvestigatedonthese92and58TuMV isolatesusingthemethodof hierarcialclusteranalysis．Th ephylogeneticrelationshipsbasedonnucleotidesequencesofthese92and58TuMV isolateswerearia— lyzedtoo．Resuhsshowthatthecodonusagepatternsofthose58TuMVisolatesarefoundtobesignificantlyphylogeneticallyconserved andalmostconsistentwiththehosttype．Theseresultssuggestedthatintheconditionofnorecombinationeodonusagebiasmaybeone ofthehostselectivepressuresaffectingthepointmutationofTuMV genomeinitsadaptationtothenicheintheirhost． KeyW ords：TuMV；Codonusage；Cluster 芜菁花叶病毒(TuMV)是马铃薯Y病毒属(Po- 密码 J频率偏性是指生物体 中编码同一种氨基 tyvirus)的一个重要成员，其基因组 由1条单组分正 酸的I叫义密码子的非均衡使用现象 。人们 已对 单链 RNA分子组成，长约 10000个核苷酸。两端 不同物种的密码子使用偏性进行了大量的研究，发 为非转译 区(UTR)，中间为 1个单开放