真核生物中的微卫星及其应用.pdfVIP

遗传 HEREDITAS(Beijing)20(4):42一471998 真核生物中的微卫星及其应用 何 平 （中国科学院遗传研究所，北京 100101) Abundance,PolymorphismandApplications ofMicrosatelliteinEukaryote HEPing (InstituteofGenetics,ChineseAcademyofSciences,Beijing100101) 在名目繁多的分子标记中，基于Southern杂交的RFLP技术一直倍受人们的青睐，这主要归因于其结果稳 定可靠、重现性好。但其实验流程长、耗资大、信息量小以及以放射性同位素为主的标记技术让众多的实验者不 愿接受。于是人们一直试图发展基于PCR技术的分子标记，其中最普及的莫过于RAPD技术，这一显性标记 虽在一定程度上提高了识别效率，但其低重复性让众多的研究者感到无奈。AFLP是一种将RFLP与PCR相结 合的标记技术，它信息量大，可产生无限的标记数 目，但因其操作繁琐、大剂量同位素的使用而使人望而生畏。 目前，在这一领域中，人们越来越多地使用另外一种以PCR扩增为基础的分子标记，即微卫星标记。 微卫星M（icrosatellite）是指以少数几个核昔酸 多（数为2-4个）为单位多次串联重复的DNA序列，人们也称 之为简单序列重复s（implesequencerepeats)、短串联重复s（horttandomrepeats）或简单序列长度多态性s（implese- quencelengthpolymorphism)(1)a1982年，Hamada等在人心肌肌动蛋白H（a-25）的内含子中发现了一个重复 25次的(d（T-dG）序列，同时指出这一序列在人及其它真核生物的基因组中广泛存在，并与Z-DNA的形成有 关 2（,3)。由于微卫星寡核昔酸的重复次数在同一物种的不同基因型间差异很大，于是这一技术很快便发展为一 种分子标记 4〔)，并首先在人类和小鼠中构建了以微卫星为主的分子连锁图谱(5.6)．在植物中，这一技术的运用 相对较晚，但目前已在多种植物中发展了微卫星标记并用于遗传作图和种质鉴定等，如拟南芥 7〔〕、大麦(8.9) 大豆 1〔0)、水稻(11.12)、小麦 （”，、玉米 （1,14)、番茄 1〔5,16)、葡萄 ”（，和苹果 1〔8，等。这一标记由于操作简 便、稳定可靠，而有逐渐取代RFLP标记之趋势。 1微卫星在真核生物基因组中的广泛分布 在真核生物中大约每隔10--50kb就存在1个微卫星(1（9)，且人们从一开始就认识到微卫星在基因组中的分 布是随机的，不仅可以存在于内含子中，也可存在于编码区及染色体上的其它任一区域 ”〔。它们主要以两个核 昔酸为重复单位，也有一些微卫星重复单位为3个核昔酸，极少数为4个核昔酸或更多。人和动物中的微卫星重 复单位主要为(T（G)，人类和小鼠遗传图谱的构建也是以这类微卫星为主-),Hamada等列出了各种真核生物 含有poly(T-G)n元件的可能拷贝数表（1)，并指出基因组大的生物似乎含有更多的拷贝数 ”〔。 在植物中微卫星重复单位的碱基组成及拷贝数依不同的物种及序列来源而异表（2和表3)。结合表 2和表3 可以看出，各种植物以检索结果估计的微卫星数普遍比从基因组文库中估计的数目多。而且重复单位的寡核昔酸 组成也不一样，从基因组文库筛选的含有微卫星的克隆重复单位以G（A）和A（C）为主表（2)，而从DNA数据库检 索的结果中重复单位主要为A（T)(20)．由于目前数据库中的DNA序列，主要是一些结构基因，尚不能反映整个 基因组的全貌。这可能是造成这两种方法对微卫星数目估计差别很大的原因。从上述分析不难推测，在结构基因 区含有微卫星的频率要高于非结构基因区，而不同的重复单位在不同的染色体区域出现的频率也不一样、即 4期 何 平：真核生物中的微卫星及其应用 43 (AT)n主要出现在结构基因内或其附近区域，而G（A)n和A（C)n的分布则远离结构基因区。 表1 几种真核生物基因组中含