第六章蛋白质的结构与功能预测.pdfVIP

/cab/xueyuanxiashubumen/nx/bioinplant.htm 《生物信息学札记》 樊龙江 第六章 蛋白质的结构与功能预测 随着人类基因组全序列测定的完成，预示着基因组研究从结构基因组 (Structural Genomics)进入了功能基因组(Functional Genomics)研究时代。研 究基因组功能当然首先要研究基因表达的模式。当前研究这一问题可以基于核酸 技术，也可以基于蛋白质技术，即直接研究基因的表达产物。测定一个有机体的 基因组所表达的全部蛋白质的设想是由 Williams 于 1994 年正式提出的，而“蛋 白质组”(proteome)一词是Wilkins 于 1995 年首次提出。蛋白质组是指由一个细 胞或组织的基因组所表达的全部相应的蛋白质。蛋白质组与基因组相对应，均是 一个整体概念，但是两者又有根本的不同：一个有机体只有一个确定的基因组， 组成该有机体的所有不同细胞都共享有一个基因组；但是，基因组内各个基因表 达的条件、时间和部位等不同，因而它们的表达产物(蛋白质)也随条件、时间和 部位的不同而有所不同。因此，蛋白质组又是一个动态的概念。由于以上原因， 再加上由于基因剪接，蛋白质翻译后修饰和蛋白质剪接，基因遗传信息的表达规 律更趋复杂，不再是经典的一个基因一个蛋白的对应关系，而是一个基因可以表 达的蛋白质数目大于一。由此可见，蛋白质组研究是一项复杂而艰巨的任务。 蛋白质结构与功能的研究已有相当长的历史，由于其复杂性，对其结构与功 能的预测不论是方法论还是基础理论方面均较复杂。统计学方法曾被成功地应用 于蛋白质二级结构预测中，如 Chou 和 Fasman 提出的经验参数法便是最突出的例 子。该方法统计分析了各种氨基酸的二级结构分布特征，得出相应参数(P ,P 和 а β P )并用于预测。本章将简要介绍蛋白质结构与功能预测的生物信息学途径。 t 第一节 蛋白质功能预测 一、根据序列预测功能的一般过程 如果序列重叠群 (contig)包含有蛋白质编码区，则接下来的分析任务是确定 表达产物——蛋白质的功能。蛋白质的许多特性可直接从序列上分析获得，如疏 水性，它可以用于预测序列是否跨膜螺旋 (transmenbrane helix)或是前导序列 (leader sequence)。但是，总的来说，我们根据序列预测蛋白质功能的唯一方法 是通过数据库搜寻，比较该蛋白是否与已知功能的蛋白质相似。有 2 条主要途径 可以进行上述的比较分析： ①比较未知蛋白序列与已知蛋白质序列的相似性； ②查找未知蛋白中是否包含与特定蛋白质家族或功能域有关的亚序列或保守 区段。 图 6.1 给出了根据序列预测蛋白质功能的大致过程。由于涉及数条技术路线， 所得出的分析结果并不会总是相一致。一般来说，数据库相似性搜索获得的结果 最为可靠，而来自 PROSITE 的结果相对不可靠。 119 /cab/xueyuanxiashubumen/nx/bioinplant.htm 《生物信息学札记》 樊龙江 是否未知蛋白质序列与已知功能的蛋白质相 似 (详见第 2 小节) 确定跨膜螺旋、卷曲螺旋和前导序列 (详见第 3 小节) 未知序列是否包含保守序列模序 (详见第 4 小节) 查对 PROSITE 数据 查对 BLOCKS 和 库 PRINTS 数据库 整理所有肯定的结果并核对一致性 预测蛋白质功能 图 6.1 根据序列预