Chloroplast Proteomics and the Compartmentation of Plastidial Isoprenoid Biosynthetic Pathways.pdfVIP

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2017-09-02 发布于湖北
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Chloroplast Proteomics and the Compartmentation of Plastidial Isoprenoid Biosynthetic Pathways.pdf

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Chloroplast Proteomics and the Compartmentation of Plastidial Isoprenoid Biosynthetic Pathways.pdf

MolecularPlant ·Volume2 ·Number6 ·Pages1154_1180 ·November2009 REVIEW ARTICLE ChloroplastProteomicsandthe COmpartmentatiOnofPlastidialIsoprenoid BiosyntheticPathways JacquesJoyard，Myriam Ferro，ChristopheMasselon ，Daphn~Seigneurin-Berny，DanielSalvi， J~r6meGarinbandNorbertRolland。，’ a LaboratoiredePhysiologieCellulaireVeg6tale；UMR5168；CEA；CNRS；INRA；Universit~JosephFourier；iRTSV,CEA·Grenoble．38054Grenoble’cedex9，France b LaboratoireEtudedelaDynamiquedesProt~omes；U880；CEA；INSERM；Universit~JosephFourrier；iRTS~ CEA—Grenoble，38054Grenoble—cedex9，France ABSTRACT Recentadvancesjntheproteomicfieldhaveallowedhigh—throughputexperimentstobeconductedonchlo。 roplastsamples．Manyproteomicinvestigationshavefocusedoneitherwholechloroplastorsub-plastidialfractions．To date，thePlantProteinDatabase(PPDB，Suneta1．，2009)presentsthemostexhaustivechloroplastproteomeavailable online．However,theaccurateIocalizationofmanyproteinsthatwereidentifiedindi仟erentsub—plastidialcompartments remainshypothetica1．Ferroeta1．(2009)wentastepfurtherintotheknowledgeofArabidopsisthalianachloroplastpro- teinswithregardstotheiraccurateIocalizationwithinthechloroplastbyusingasemi-quantitativeproteomicapproach knownasspectralcounting．TheirproteomicstrategywasbasedontheaccuratemassandtimetagsA【MT)database approachandtheybuiltupATCHLOR0，acomprehensivechloroplastpr6teomedatabasewithsub-plastidiallocalization andcuratedinformationonenvelopeproteins．Comparingthesetwoextensivedatabases，wefocushereonabout100 enzymesinvolvedinthesynthesisofchloroplast-specificisoprenoids．Wellknownpathways(i。e．compartmentationofthe methylerythritolphosphatebiosyntheticpathway,oftetrapyrrolesandchlorophyllbiosynthesisandbreakdownwithin chloroplasts)validatethespectralcounting—basedstrategy．Thesamestrategywasthenusedtoidentifytheprecise IocalizationofthebiosynthesisofcarotenoidsandprenyIquinoneswithinchloroplasts(i．e．inenvelopemembranes， stroma，and／orthylakoids)thatremainsunclear