基于生物芯片的高通量低成本DNA快速测序及其在系统生物学研究中的应用论文.pdfVIP

基于生物芯片的高通量低成本DNA快速测序及其在系统生物学研究中的应用 陆祖宏吕华肖鹏峰白云飞葛芹月周东蕊 东南大学分子电子学国家重点实验室 东南大学儿童发展与学习科学研究中心 ，1￡．—．■一 一、刖罱 自1990年起，人类用了12年的时间完成了自身．30亿碱基组成的基因组序列的测定u嵋1。在整个人 类基因组计划执行过程中，国际人类基因组计划委员会一直高度重视DNA测序技术的研究H1。1995年自 动化测序仪的出现，使得每一个碱基的测序成本降至1美元，单台仪器的测序速度提高到100，000bp／ Prism@3700 天；1998年ABI DNA自动化测序仪的推出，每一个碱基的测序成本降低到0．1美元，测序 速度达到900，000bp／天。DNA测序成本迅速下降，测序速度快速提高，DNA自动化水平突飞猛进。正 是测序技术的发展，才使得人类基因组计划得以提前顺利完成。 进入后基因时代，人类对于测序技术的需求有增无减，DNA测序技术仍在日新月异的高速发展。以 Prism固3730 当前最为先进的ABI Prism@3730 美元。要完成一个30亿碱基的测序，需要150台ABI DNA测序仪运转一年，测序成本接 近二千四百万美元晦1。近年来，DNA测序成本仍以每二年降低一半的速度递减，2006年2月份完成的弥 猴基因组草图的费用为2200万美元。尽管如此，目前通用毛细管阵列DNA测序方法在成本和耗时方面， 仍然远远满足不了生命科学和医学发展的要求，这也极大地制约了DNA测序市场的发展。 功能基因组研究的目的是要认识基因组中每个核酸的生物学含义，发现疾病易感基因。功能基因组 的研究途径是比较基因组学，即通过比较和分析不同表型个体之0可基因组序列差异，解码基因组中每个 核酸的生物学意义，发现功能基因，识别与疾病相关的分子遗传信息。进一步地，根据个体基因组信息， 实现疾病的预测、预防和个体化治疗。随着功能基因组研究的发展以及人们对提高医疗健康水平的不懈 追求，“个体化医疗”即将进入人们的生活。为了真正实现。个体化医疗”这一目标，首先要对每个人 的基因组进行测序，找出不同个体在DNA序列上的差异与不同疾病、发育等的相关性。但是，大规模个 体全基因组DNA的测序，即对大量的人类个体的基因组DNA(包含有30亿碱基)进行再测序，其成本仍 太高。这严重地限制了功能基因组的研究进展，影响到人类基因组计划的研究成果的应用。对于目前的 基因组测序成本而言，“个体化医疗”仍然是人类的一个遥远的梦想。 当然，利用人类基因组中的一些多态位点进行功能基因组研究是解决上述难题的一条研究途径。利 选相关差异的SNPs位点，寻找相关基因的功能Ⅲ。但是，SNPs仅仅代表人类群体基因组中一类正常的 单核苷酸差异，它们大多与疾病的关系并不密切。因此，目前人们在进行SNP相关的表型分析时，大多 很难得到明确的结论。而对于人类基因组中存在的与功能相关的大量未知变异信息，目前的SNP技术显 得无能为力。 目前，国际学术界已经清醒地认识到发展快速低成本的人类个体基因组再测序技术的重要性。2002 年美国科学家J．CraigVenter首先发出了发展1000美元人类全基因组测序技术的倡议。他领导的基 金会承诺给第一个实现1000美元人类全基因组测序的个人或单位颁发50万美元的奖金叫。美国国立卫 Human GenomeResearch 生院(NIH)下属的人类基因组研究所(National N 2004年启动了三千八百万美元的计划，资助低成本DA测序新技术的研究例。现在美国NIH投在DNA Monica的XPrize基金 测序创新技术研究方面的研究经费已经上亿美元。2006年10月美国加州Santa 会取代了J．CraigVenter基金会的奖励计划，并把奖金额度提高到了1千万美元，成为有史以来生物