从DNA序列到分化时间.pdf

中国科学院植物研究所 生物多样性与生物安全研究组组会报告 DNA序列到分化时间 ——进化树与分子钟 博士研究生 张金龙 2010-1-29 报告内容 一 DNA序列 二 序列比对 三 碱基替换模型及其筛选 四 进化树的构建 五 树的可信度Bootstrap 六 分子钟 2010-1-29 DNA序列到分化时间 2 进化树 n 什么是进化树？ n 进化树是表示物种间系统发育关系的树状图，枝长的 长短表示进化距离的差异。系统关系越近的物种，在 进化树中的距离越近。 n 主要内容：用DNA序列构建进化树的原理和方法 2010-1-29 DNA序列到分化时间 3 进化树 n 1 Losos et al. nature,2003 2 Howarth et al. PNAS ,2006 2010-1-29 DNA序列到分化时间 4 3. 种进化树( 自N. Nikolaidis ） 2010-1-29 DNA序列到分化时间 5 一DNA序列 DNA序列 n 由ATCG 四个碱基组成，一般从其3 端作为起始。 n 一个基因的长度在几百到几千个bp(碱基对)不等。 n 现有的序列可在NCBI 检索，下载。 n NCBI National Center for Biotechnology Information n n 可利用Paradis 的ape程序包、BioPython等软件在 线读取 。 2010-1-29 DNA序列到分化时间 7 n NCBI检索 2010-1-29 DNA序列到分化时间 8 将序列信息另存为Fasta格式 2010-1-29 DNA序列到分化时间 9 二 序列比对 序列比对 n 为什么要进行序列比对？ n 把相同位点调整到一起，从而发现某些物种在该 位点的变异，寻找信息位点。 n 软件：ClustalX, MUSCLE 以ClustalX为例 2010-1-29 DNA序列到分化时间 11 序列比对ClustalX n 将下载的文件全部转移粘贴到一个fasta文件中，物种名前加 ”。 2010-1-29 DNA序列到分化时间 12 设定输出格式 n PHYLIP格式（PHYLIP ，RAMXL, ） n NEXUS格式（PAUP*, MrBayes等） n