非键作用和库仑模型预测甘氨酸-α-多肽构象稳定性.pdfVIP

非键作用和库仑模型预测甘氨酸一a～多肽构象稳定性 非键作用和库仑模型预测甘氨酸一o【一多肽构象稳定性 研究生：李晓静 指导教师：王长生 学科专业：有机化学 中文摘要 本文采用密度泛函理论B3LYP／6—3lG+方法，对甘氨酸一d一二肽、三肽、四肽、 五肽和六肽分子进行了计算．对构象中的主要非键相互作用进行分析，确定了影响构 象稳定性的主要非键作用，并估算了相关非键作用的能量。将之应用于判断二肽、三 肽、四肽、五肽和六肽分子构象的相对稳定性，得到了满意的结果。进而建立甘氨酸 一d一多肽的库仑模型，探讨了电荷在库仑模型中的作用，确立了各种非键作用的能量 参数。用本文方法及库仑模型方法预测多肤掏象的相对稳定性，得到了满意的结果。 具体包括： 1)以甘氨酸一a一二肽、三肽、四肽，五肽和六肽分子的52个稳定构象为研究对象， 对构象中的主要非键相互作用进行分析，确定了其相应参数值，使用此参数值和 多肤分子构象的分子结构图，确定构象的相对能量，勺密度泛函理论B3LYP方法 得到的相对能量比较，得到了满意的结果。 2)选择甘氨酸一a一多肽的库仑模型，确定相关非键作用能量的相应参数K。利用库 仑模型、参数K和密度泛函理论B3LYP／6-3lGt方法优化计算的电荷，确定构象 的相对能量，与密度泛函理论B3LYP方法得到的相对能量比较，得到了满意的结 果．结果表明，利用库仑模型、参数K确定构象的相对能量，可以代替密度泛函 非键作用和库仑模型预测甘氨酸一d一多肽构象稳定性 理论B3LYP方法得到的相对能量，结果较好。 关键词：非键相互作用； 7元环氢键； 5元环氢键；HNHc作用；库仑模型 2 非键作用和库仑模型预测甘氧酸一d一多肽构象稳定性 前言 1氢键 氧键是一种非常重要的作用，它在生物分子的结构和功能方面都起着非常重要的 作用，氢键不但广泛的存在于水中，而且很多生物分子通过氢键和水发生相互作用。 同时许多生物分子本身也通过氢键的相互作用而展现出一定的结构。因而通过对水中 氢键、生物分子与水形成的氢键、以及生物分子之间的氢键的研究就显得十分重要。 是强的化学键(如共价键，离子键)与弱物理相互作用(如诱导力和色散力)之间的 过渡；它比一般的化学键弱，但是比分子间的物理相互作用强1’2。它代表了…dN-T 给体与一个质子受体之间的相互作用的关系。由于氢键键能介于‘般共价键与范德华 作用力之间，因此，一般认为氢键不同于范德华力，是以静电相互作用为主的有方向 性和饱和性的较强作用力，敝可称其为一种特异的键型。 氢键对生物大分子的特定空间结构和生物活性起着极为重要的作用。许多大分子 的空间构象主要是由氢键来稳定的3。蛋白质是很重要的一类天然有机物，它在生命 O |J 现象中起着重要作用．实验表明，蛋白质链中含有多个一C—NH一基，可形成大量 的(N-H…0)氢键，使蛋白质按螺旋方式卷曲成立体构型，称为蛋白质的二级结构。 它们是使蛋白质保持稳定构象的最重要因素，而且，近年来的研究指出，二级结构是 合理的螺旋结构，可见氢键对蛋白质维持一定的空间构型起着重要作用。 氢键的研究已经越来越多的受到人们的重视，近几年更是有厂突飞猛进的发展， 涉及的内容也是非常的广泛。几十年来的分子生物学的研究证明几乎所有的问题，无 论是结构的还是功能的，无论是静态的还是动态的，无论是能量代谢还是信息代鲥， 无论是生理的还是病理的，无不与氢键相关联。氢键的存在和重要作用都是客观的并 且不可替代的，有着极其重要的生物学意义。相信在不远的将来，氢键的研究将进入 一个更高的领域，生物、物理和化学三方面的通力合作将会使氢键的研究达到一个新 非键作用和库仑模型预测甘氨酸一d一多肽构象稳定-}生 的高峰． 一般说来分子形成氢键必须具备两个基本条件：第一、分子中必须有一个与电负 性很强的元素(X)