简单重复DNA序列在哺乳动物mtDNAD-loop区的分布及进化.pdfVIP

HEREDITAS (Beijing) 2011 年 ISSN 0253-9772 简单重复DNA 序列在哺乳动物mtDNA D-loop 区的 分布及进化特征 1 1, 2 2 2 危金普 ，潘学峰 ，李红权 ，段斐 1 北京理工大学生命学院，北京100081； 2 河北大学医学部, 保定 071002 摘要：简单重复序列广泛分布于从原核到真核生物的基因组中，其形成的分子机理目前尚不明确。对NCB I 数据库中已有256 种哺乳动物线粒体DNA (mtDNA) D-loop 区进行序列比对分析，根据其所含有的简单 重复序列类型分为3 组，分别是53 种哺乳动物含有六核苷酸重复序列；104 种哺乳动物含有非六核苷酸重 复序列( ＞6 bp)；99 种哺乳动物不含有任何重复序列。通过碱基序列分析比对，发现六核苷酸重复序列集 中分布在CSB1-CSB2 间隔区，而非六核苷酸重复可以分布于终止区(TAS)、中央保守区(Central domain) 以 及CSB （C-entral sequence block ）区。通过比较含有重复序列与不含重复序列的功能保守区发现，简单重 复序列的存在并不明确影响D-loop 区内的中央保守区以及CSB1、CSB2、CSB3 三个功能保守区的碱基序 列保守性。在此基础上，利用N-J 法构建了256 种哺乳动物的进化树，分析了哺乳动物D-Loop 区内重复序 列在进化过程中的可能变化规律，发现简单重复序列随着物种的进化地位的升高而呈现消失趋势。 关键词：哺乳动物；线粒体DNA ；D-loop 区；简单重复序列；分子进化 Distribution and evolution of simple repeats in th e mtDNA D-loop in mammalian 1 1,2 2 2 WEI Jin-Pu , PAN Xue-Feng , LI Hong-Quan , DUAN Fei 1. School of Life Science, Beijing Institute of Technology, Beijing 10081, China; 2. Health Science Center, Hebei University, Baoding 071002, China Abstract: Simple sequence repeats (SSR) distribute extensively in genomes of all organisms, but the mo lecular mechanism underlined is poorly understood. In this study, we characterized distribution and biologi cal significance of the simple repetitive DNA sequences in the D-loop region in mitochondria DNA of 2 56 mammal species, and classified the mammal carriers into three groups including 53 species with hexa nucleotide repeats, 104 species with other types of simple repeats (6 bp) and 99 species without any re peat sequences, respectively. Furthermore, we found that th