TPM：基于Taverna的PCR引物设计与评估工作流系统.pdfVIP

200 9牟11月 四川大学学报 自然科学版 NOV．2009 第46卷第6期 Jour na l of Si c hu an Uni ve r s i t y Nat ur al Sci ence Edi t i on V01 ．46 No ．6 doi ：10 969 ／j ．i s sn ．04 90—6756 ．2009 ．06 ．02 TPM：基于Taver na 的PCR引物设计 与评估工作流系统 屈武斌1’2 ，杭兴宜2 ，申志勇2，李稚锋2，张成岗2 ，杨 毅 1．四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室，成都6 10064； 2 ．军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学 国家重点实验室，北京100850 摘 要：PCR引物设计是PCR实验 中关键而重要 的一步，而 引物 的特异性情况直接影响着 PCR实验的成败．首先，设计了基于多因素 Z- 列相似性，引物 ’末端 自由能，Tm等 的PCR 引物特异性评估工具一MFEpr i mer ；其次，在MFEpr i mer 的基础上，结合引物设计软件pr i m— er ，在Taver na工作流平 台上构建了PCR引物设计 pr i mer 与评估 MFEpr i mer 一体的工 作流系统一TPM Ta ver n a—Pr i mer 一MFEpr i mer ，实现了从引物设计到评估的自动化分析流 程 ，使用简单方便． 关键词：生物信息学；MFEp r i mer ；引物设计；引物评估；Tave r na ；工作流 ， 中图分类号：Q8 11 文献标识码 ：A 文章编号：0490—6756 2009 06—16 85一砖 TPM：a Taver na wor kf l ow f or PCR pr i mer des i gn and eval uat i on Qu Wu- Bi nl ，HANG Zhi - Yon92，LI Zhi - Fen92 ，ZHANGCheng-Gan92 ，YANG Yi l Xi ng- Yi 2 ，SHEN 1．Key La b or a t or y of Bi o- Re sour c es a nd Eco- Envi r onment of MOE，Col l ege of Li f e Sci ence ， Si c hu an Uni ve r s i t y ，Ch en gdu 6 100 64，Chi na ； 2 ．Be i j i ng I nst i t ut e of Ra di at i on Me di c i ne ，St at e Ke y Labor at or y of Pr ot e omi cs ，Bei j i n g 100 850，Chi n a Abst r act ：Pr i mer de si gn i s one of t he i mpor t ant st eps i n PCR exp er i men t s and t he sp eci f i c pr i mer s ar e c ru ci al f or s ucc e s s ful PCR r ea ct i ons ．Fi r s t l y ，a pr ogr a m named MFEpr i mer was pr opo s e