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微生物基因组研究进展及其意义 　　近年来，病原微生物的基因组研究取得了飞速的进展。所谓基因组研究是指对微生物的全基因进行核苷酸测序，在了解全基因的结构基础上，研究各个基因单独或数个基因间相互作用的功能。由于过去人们大多从表型分析入手，寻找已知功能的编码基因，实际只了解微生物中极少数的基因，如链球菌的链激酶基因、结核杆菌编码的热休克蛋白基因等。还有大量未知基因未被发现。通过基因组研究，则从根本上揭示了微生物的全部基因，不仅可发现新的基因，还可发现新的基因间相互作用、新的调控因子等。这一研究将使人类从更高层次上掌握病原微生物的致病机制及其规律，从而得以发展新的诊断、预防及治疗微生物感染的制剂、疫苗及药品。此外，新发现的微生物酶及蛋白还可能有在工农业生产上的应用价值。因此，全球除已完成了70余株覆盖重要病毒科的病毒代表株全基因组研究外，据美国基因组研究所（The Institute for Genomic Research, TIGR）报道，目前已完成了19种微生物基因组测序，其中11种与人类及疾病相关（嗜血流感杆菌，生殖道支原体，肺炎支原体，幽门螺杆菌，枯草杆菌，伯氏疏螺旋体，结核杆菌，梅毒螺旋体，沙眼衣原体，普氏立克次体）。另外，还有40余种微生物已被登记正在进行测序，预计在1999～2000年完成〔1〕。 病毒基因组研究进展　　病毒因其基因组小，是进行基因组研究最早的生物体。早在1977年已完成了噬菌体DNA的全基因测序。存在于脊髓灰质炎疫苗中的SV40，是最早完成全基因测序的与疾病相关的病毒；此后，许多病毒均已完成了全基因测序，并根据序列的开放阅读框架（ORF）对编码蛋白进行了推导。已对相当一些病毒蛋白进行了重组表达，还对一些病毒基因编码的调控序列进行了研究。除一般大小的病毒已完成了基因组测序，对大基因组病毒，疱疹病毒科，如水痘病毒基因组为0.125Mb(Mega-basepair,兆碱基对)〔2〕。巨细胞病毒，基因组为0.229Mb〔3〕。我国已对痘苗病毒天坛株（约0.2Mb）进行了全基因测序，发现与国外的痘苗毒株序列有明显的差异〔4〕。我国还对甲、乙、丙、丁、戊、庚型肝炎病毒进行了国内毒株的全基因测序。近来还对国内2株发现的虫媒病毒毒株完成了全基因测序。我国从不同来源的标本中发现了不少乙肝病毒变异株，有的具有特殊的生物学特性〔5〕。对病毒基因中调控因子的分析，发现了与乙肝病毒增强子作用的新细胞核因子〔6〕。　　因此，目前对病毒的基因组研究已进入了后基因组阶段，即从全基因水平研究病毒的生物学功能，同时发现新的基因功能。对于医学病毒学当前主要方向是研究病毒基因组中与致病及诱生免疫应答相关的基因，从而揭示和解决迄今尚未解决的问题，以达到控制或消灭一些重要病毒感染的目的。　　建议目前可进行后基因组研究的领域为：　　1． 病毒持续性感染：基因组中与持续性感染相关的基因，基因变异或调控因子研究。已报道的乙肝病毒的前核心基因出现终止密码突变，可逃逸机体对E抗原的免疫应答，有利于病毒持续感染〔7〕。　　2． 病毒与肿瘤的关系：已知EB病毒、人乳头状瘤病毒、乙肝病毒等均与肿瘤相关。对这些病毒的基因组或基因变异研究，有可能揭示部分致瘤的机理，如最近报道EB病毒LMP-1基因羧基端缺失30个碱基对，可能具有更高的致癌性〔8〕。　　3． 病毒变异株或新出现毒株的致病性改变：如近来发现肺出血性汉坦病毒〔9〕，对人致病的H5禽流感病毒以及复制性特别强的乙肝毒株〔10〕等，对嗜性改变的巨细胞病毒〔11〕从基因水平进行了研究。　　4． 病毒编码复制酶基因及其调控的研究：有些病毒具有独特的复制酶，如对人免疫缺陷病毒酶的研究导致开发出有效的抗病毒制剂。还有一些病毒（如丙型肝炎病毒）复制酶的编码基因虽已明确，但未能大量在体外表达，而且对这些酶在细胞内病毒复制中所起的作用也不清楚，延误了抗病毒制剂的开发，应抓紧进行研究。　　5． 病毒受体的研究：已知病毒受体多数是复合型，近来发现人免疫缺陷型病毒的受体除CD4外还有副受体〔12〕。受体是病毒入侵细胞的第一关，通过全基因组研究将更有利于发现复合的病毒受体。　　综上所述，本世纪后期已从基因组水平研究病毒的功能〔13〕，因此，我们应注意将病毒基因的研究重点转移到研究病毒基因与细胞的相互作用中来，以开辟对病毒致病机理研究的广阔天地。细菌基因组研究进展　　广义的细菌包括细菌、衣原体、支原体、立克次体、螺旋体及放线菌，因此细菌的基因组研究也包括这些微生物。除放线菌外，细菌基因组大小为1至数个Mb。目前正在研究测序的细菌已超过40余种。与致病相关的主要细菌、真菌及寄生虫，参见表1。 表1　正在进行全基因组测序的主要细菌、真菌与寄生虫〔1，14〕 细　　　菌 真　　菌 寄 生 虫 百日咳鲍氏杆菌