第四章 蛋白质-蛋白质复合物结构的预测及分析-精品.pdf

第四章蛋白质-蛋白质复合物 结构的预测及分析(二) 一、蛋白质-蛋白质复合物结构 稳定性的分子动力学模拟 二、蛋白质-蛋白质相互作用 的自由能 三、计算机辅助丙氨酸扫描技术 四、蛋白质-蛋白质相互识别的 分子机制 一、蛋白质-蛋白质复合物结构 稳定性的分子动力学模拟 1、分子动力学模拟的初步介绍 2、AMBER软件简介 3、蛋白质结构的稳定性模拟 分子动力学 分子动力学求解的是随时间变 化的分子的状态、行为和过程。 按照分子瞬时运动状态，求解 每一个原子的牛顿运动方程和每一 原子的位置和速度，并从这一运动 轨迹中计算得到各种性质。 牛顿分子动力学 .. F m a m i i i i r i F −∇V(r) i i • ∂ ( , ) • H r p ∂H ( r , p ) r k ∂Pk p k − ∂rk • p m r mv k i i i i …… 分子动力学模拟——硬件和软件 主流软件：CHARMM, AMBER, GROMOS AMBER 简介 分子力场和力场参数 薛 E −∂ln Z 定 配分 ∂ln Z ∂β 生物大分子体系： 函数 S −β ∂β +T ln Z 量子统计力学 鄂 方 p −∂ln Z β∂V 无法求解 程 F −T ln Z E: 内能；S:熵；p:压强；F:自由能 力场函数：通过建立函数近似处理 AMBER8 force field 调用力场 xleap -f leaprc.ff94 trx = loadpdb trx.pdb bond trx.35.SG trx.32.SG saveamberparm trx trx.top trx.crd quit trx.top 文件内容 trx.crd 文件内容 Sander Important input file 能量最小化 cat mdin minimize structure cntrl imin=1, maxcyc=100, cut=300.0, igb=2, saltcon=0.2, gbsa=1, ntpr=10, ntx=1, ntb=0, end keep all atoms frozen 5.0 RES 1 108 END END sander -O -i mdin \ -c trx.crd -p trx.top -ref trx.crd -o trx.min.out -r trx.rst trx.min.out 文件内容 平衡 分子动力学模拟 cntrl imin=0, ntc=2, ntf=2, cut=12.0, igb=2, saltcon=0.2, gbsa=1, ntpr=50, nstlim = 5000, dt=0.002, ntt=1, tempi=0.0, temp0=300.0, tautp=1.0, ntx=1, irest=0, ntb=0, nscm = 1000, ntr=1