生物信息学报告4.docVIP

吉林大学国家级生物实验教学示范中心实验报告 课程名称：生物信息学 实验题目：同源模建 2012年12月9日 姓名：孙瑶 学号： 用户名：name101 蛋白质的三维结构是其功能发挥的基础。 蛋白质的三维结构由氨基酸序列决定。 三维结构的测定方法：实验方法：准确，但有局限性；X射线晶体衍射方法等；生物信息学方法：从序列到结构，限制条件少；同源模建方法(homology modelling)等。 二、同源模建的原理 同源模建方法是根据目标蛋白质序列和相关模板蛋白质结构确定目标蛋白质最可能结构的建模方法。 目标蛋白质序列 目标蛋白质结构 模板蛋白质结构 由模板蛋白质结构共性特点确定定目标蛋白质可能的空间结构。包括键长、键角、肽基和侧链环的共平面性、各个原子的手性、范德华接触距离以及胱氨酸二硫键的键长、键角和二面角等。 三、实验过程（以乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase, TvLDH为例) 1．寻找与TvLDH相关的结构 1.1 打开查看TvLDH.ali，TvLDH的序列信息文件 文件内容： P1;TvLDH sequence:TvLDH:::::::0.00: 0.00 MSEAAHVLITGAAGQIGYILSHW