生物信息学分析实例.docVIP

实例分析：ORF预测的可靠性检验设计引物：Primer Premier 5.0评估引物质量：Oligo 6.65 或Oligonucleotide Properties CalculatorNCBI的BLAST 2 SEQUENCES程序 /blast/bl2seq/wblast2.cgi核苷酸序列＝氨基酸序列制作密码子用法表蛋白质理化性质分析在线分析ExPasy服务器上的ProtParam /tools/protparam.html生物学软件BioEdit－氨基酸成分Seqtools－亲、疏水性残基，蛋白溶解度蛋白质功能性区域分析疏水性分析在线的ProtScale 程序/cgi-bin/protscale.pl使用生物学软件BioEdit7.05采用Kyte-Doolittle的TGRESE算法调整计算窗口大小n=9? ?附：该参数用于估计每种氨基酸残基的平均显示尺度，有助于对数据进行平滑。 跨膜区分析在线分析TMHMM Server v. 2.0http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/TMpred/software/TMPRED_form.htmlTMPhttp://www.mbb.ki.se/tmap/信号肽预测SignalP 3.0 Server几种人工神经网络法的组合G+、G-、真核生物为训练集http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/卷曲螺旋预测卷曲螺旋是控制蛋白质寡聚化的元件/software/COILS_form.html亮氨酸拉链结构：亲脂性的α螺旋，包含有许多集中在螺旋一边的疏水氨基酸，两条多肽链以此形成二聚体。每隔6个残基出现一个亮氨酸。由赖氨酸（Lys）和精氨酸（Arg）组成DNA结合区。Domain分析? ?结构域是蛋白序列的功能、结构和进化单元，由50-300个氨基酸组成，有独特的空间构象。? ?类型：全平行结构域、反平行结构域、α+β结构域、α/β结构域及他折叠类型 EMBL的SMART服务器http://smart.embl-heidelberg.de/提交序列后=系统每隔10秒刷新一次=结果模体(Motif)搜索PROSITE数据库确定新的蛋白质序列是否属于已知家族N-糖基化位点的模式(Pattern)：N[^P][ST][^P]其中^P表示除Pro外的任意氨基酸缺点：数量与质量上存在问题/prosite/ Profile数据库基于最佳的多重比对质量(包括人工校正)优点：确保重要信息不被遗漏http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan 蛋白质二级结构预测? ?蛋白质二级结构是指α螺旋、β折叠、无规则卷曲(Coils)等元件预测方法：基于统计的预测方法，如Chou-Fasman法、人工神经网络法等基于知识的预测方法：Lim方法、Cohen方法混合方法：选择性合并以上提到的各种方法预测准确率：70%，其中PHD神经网络预测的平均准确度及最佳残基的准确率分别高达72%和90% 二级结构预测的标准：PHD　/同源模建原理：比较模建，利用已知结构的同源蛋白建立目的蛋白的结构模型，再用理论计算方法进化优化，最终得到合理的3D模型。关键：模板的选择适用：同源性30%的同源蛋白质步骤：(6步曲)目的序列与模板序列的匹配；根据多重比对结果确定同源蛋白质的保守区及相应的框架结构；目的蛋白质结构保守区的主链模建；目标蛋白质结构变异区的主链模建；侧链的安装和优化；优化和评估模建的结构系统发育分析NJ法－邻接法：特点：NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法，它构建的树相对准确，假设少，计算速度快 ，只得一颗树。缺点：序列上的所有位点等同对待，且所分析的序列的进化距离不能太大 适用：进化距离不大，信息位点少的短序列MP法－最大简约法特点：基于进化过程中碱基替代数目最少这一假说 缺点：推测的树不是唯一的，变异大的序列会出现长枝吸引而导致建树错误。适用：序列残基差别小，具有近似变异率，包含信息位点比较多的长序列ML法－最大似然法原理：考虑到每个位点出现的残基的似然值，将每个位置所有可能出现的残基替换概率进行累加，产生特定位点的似然值。ML法对所有可能的系统发育树都计算似然函数，似然函数值最大的那颗树即最可能的系统发育树优点：在进化模型确定的情况下，ML法是与进化事实吻合最好的建树算法 缺点：计算强大非常大，极为耗时建树相关软件：PAUP－/PHLIP－/phylip.htmlMEGA－T