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一26一 江苏农业科学2010年第3期 成丹，胨军，谭明谱．植物胁迫反应中质外体蛋白质组生物信息学分析[J]．江苏农业科学，2010(3)：26—29 植物胁迫反应中质外体蛋白质组生物信息学分析 成丹，陈军，谭明谱 (南京农业大学生物学实验教学中心／南京农业大学生命科学学院，江苏南京210095) 摘要：植物质外体在植物胁迫反应中起重要作用。本研究通过对质外体蛋白组相关文献挖掘和数据库的检索， 依据细胞作用过程，将质外体蛋白组检索归类。参与生物胁迫反应的质外体蛋白主要分2类，即防御反应蛋白和细胞 壁修饰蛋白；参与非生物胁迫反应的质外体蛋白也分2类，即氧化还原稳态调节蛋白和胁迫反应蛋白。综合分析表 明，7类蛋白既参加生物胁迫反应，也参加非生物胁迫反应。通过对质外体蛋白质组的研究可以加深对2种胁迫下信 号传导机制和调控机制的理解。 关键词：质外体；蛋白质组；生物胁迫；非生物胁迫；生物信息学 中图分类号：R318．04文献标志码：A 文章编号：1002—1302(2010)03—0026—03 细胞外基质(质外体)是细胞之间的空间和细胞膜与细 做了归类和统计。 胞壁之间的微小空间通过细胞壁上的微孔连接而成的一个连 本研究采用的相关胁迫反应的蛋白数据库包括的记录 续体，是植物细胞的重要信号源和细胞器。质外体的主要结 有：拟南芥H41细胞壁和悬浮细胞液的380条、干旱胁迫下鹰 构是细胞壁，多糖、糖蛋白以及其他可溶性酶蛋白等组分是细 嘴豆¨则胞外基质8l条、激发子处理的玉米¨㈠21200条、盐胁 胞分泌产物。它是一个动态空间，其内包括许多重要的生理 迫的烟草¨3131条、病原侵染的油菜”4。30条、病原侵染的番 生化过程，如溶质和水分运输、组织形态的维持、维持内环境 茄¨纠23条、锰离子胁迫的豇豆¨“川5l条。 的动态平衡，生长与发育、信号传导以及抵抗逆境、光合作用 2结果与分析 的气体交换等…，当植物遭受生物或非生物环境刺激时，可 能首先引起质外体信号系统的变化，同时质外体作为植物细 2．1 植物质外体蛋白数据库 胞之间最方便的通道，在细胞间信号传递和信息交流上起重 对于所构建的植物胁迫相关蛋白数据库，依据基因本体 要作用，从而成为协调植物细胞分化、器官形成和整体生长发 论注释中的细胞过程进行了功能分类，植物胁迫相关蛋白大 育的决定性因素之一。虽然质外体在植物组织中所占的比例 致分成9大类，并进行了统计(表1)。这些蛋白参与的细胞 相对较小(仅占植物组织总体积的8％一15％)，但随着研究过程分别为：代谢、防御、转录、信号传导、氧化还原、蛋白修 的不断深入，研究植物质外体蛋白质组对理解植物在胁迫反 饰、逆境胁迫、细胞壁修饰、运输。 应中的机制和细胞分化发育的位置效应能够提供帮助，并为 表I 植物质外体聋白质组研究概览 后续的研究工作提供借鉴和指导旧。一。 1材料与方法 本研究主要用EndNoteX1从PUBMED数据库中挖掘文 献。以CellWall、Apoplast、Extracellularmatrix及Plant逆境胁 迫Response为关键词检索相关文献。本研究所收集的文献 包括植物细胞壁蛋白质组尤其是拟南芥细胞壁蛋白质组相关 分析和鉴定的文献，以及一些植物细胞外基质在脱水、病毒侵 染等非生物或生物胁迫下蛋白质组分析的文献。从检索的文 献中，整理得出符合条件的文献14篇(2002年1篇，2003年 2篇，2005年4篇，2006年1篇，2007年2篇，2008年4篇)，从表1可以看出，以拟南芥和玉米为例，除基本代谢占较 挖掘出相关胁迫响应蛋白数据。构建胁迫相关蛋白数据库，并 大比例外，防御反应、蛋白质修饰、信号传导及细胞壁修饰等 通过BLAST检索，将其对应的细胞作用过程和同源拟南芥ID这几类胁迫相关蛋白也占较大的比例，在拟南芥中，逆境胁 迫、蛋白修饰、防御、信号传导