大分子马达脱附对微丝密度分布的Monte Carlo计算机模拟_临床医学论文.docVIP

大分子马达脱附对微丝密度分布的Monte Carlo计算机模拟_临床医学论文 大分子马达脱附对微丝密度分布的Monte Carlo计算机模拟_临床医学论文 【摘要】 目的 探讨大分子马达的脱附现象对一维微丝密度分布的影响。方法 采用一维开放边界条件的完全非对称性简单排斥过程(TASEP)描述大分子马达在微丝上的运动情况，通过Monte Carlo计算机模拟实验得到大分子马达脱附概率对其密度分布影响。结果 在固定大分子马达尺度l=3的条件下：当脱附概率qgt;1/(l+1)=0.366和qlt;1/l[(l+1)/(l+1)-1]=0.155时，微丝中的密度分布只有4种稳定的密度相;而当脱附概率0.155 【关键词】 大分子马达;脱附;微丝;密度分布;计算机模拟 　　Abstract: Objective To investigate the effects of the detachment of macromolecular motors on the density profile of the one-dimensional microfilaments. Methods One-dimensional totally asymmetric simple exclusion processes (TASEPs) with open boundary were employed to describe the motion of the macromolecular motors on the microfilaments, and the effects of macromolecular motors′ detachment probability on the density profiles were studied with Monte Carlo computer simulation experiments. Results Under the condition of confirmed size of motors and through the Monte Carlo computer simulations, it was found that when the detachment probability qgt;1/(l+1)=0.366 or qlt;1/l[(l+1)/(l+1)-1]=0.155, there were only four steady density phases on the filaments; when the detachment probability 0.155 　　Key words: macromolecular motor; detachment; microfilament; density profile; computer simulations 　　机体的一切活动，如肌肉收缩、细胞内部的运输、遗传物质(DNA)的复制、细胞的分裂、信号传输等，追踪到分子水平，都是来源于具有马达功能的蛋白质大分子做功推动的结果[1]。实验表明，分子马达既具有酶的活性又具有运动活性，可催化三磷酸腺苷(ATP)水解为二磷酸腺苷(ADP)和无机磷(Pi)，并将储藏在ATP分子中的化学能高效地转化为机械能，产生协调的定向运动，将细胞器和各种细胞内物质沿着细胞骨架系统从合成部位快速有效地运送到功能部位。当前，分子马达定向运动的研究不仅有助于深入认识生命活动的本质，而且可以进一步理解生物体内能量转化的过程。因此这一问题的研究是一个涉及生物、化学、物理等多学科的重要课题[2-4]。 　　近几年来，一维的完全非对称简单排斥过程(TASEP)已经成为一个研究分子马达沿纤维丝运动过程的常用模型[5-6]，即将马达看作一个自驱动粒子在一维格子气中作定向运动。不同类型的分子马达在微丝上运动具有不一样的尺度，如核糖体在mRNA链上的运动，纤维丝或微管上大分子或大膜泡的运动以及RNA的转录等过程。一个核糖体上合成蛋白质的分子占据10～12个微丝周期，但每次只移动一个微丝周期[7]。2004年，Shaw等[7-9]利用TASEP模型研究了不同尺度的分子马达以及微丝上含有跃迁缺陷的分子马达对微丝上密度分布的影响。考虑到微丝上同样存在脱附缺陷的情况[10]，本研究采用含有脱附缺陷的一维开放边界条件的TASEP模型来描述大分子马达在微丝上的运动情况，通过Monte Carlo计算机模拟实验对微丝密度分布进行研究，以期探讨大分子马达的脱附对微丝密度分布的影响。 　　1 模 型 　　将一维微丝看作具有开放条件的一维格子气，它由N个格点组成，i=1,2,……,N，其中假设N为一个很大的偶数，相邻两个格点的间