基于相对熵的蛋白质折叠地研究.pdfVIP

中国科协第四届优秀博士生学术年会论文集 基于相对熵的蛋白质折叠的研究丰 齐立省1王存新1王宝翰2焦雄1陈慰祖1 1．北京工业大学生命科学与生物工程学院，北京100022；2．中国科学院生物物理研究所，北京100101 摘要采用非格点模型，用相对熵作为优化函数，预测蛋白质主链走向的方法是可行有效的。 在以前工作的基础上，提出了一种新的求接触势系综平均的方法．选取14个真实单链蛋白 质作为测试蛋白，用三态HNP模型对该方法进行了测试，模拟结果表明比以前方法的预测 精度有了提高，预测结构相对于天然结构的均方根偏差(RMSD)在0．4伽．60nm． 关键词生物物理；蛋白质折叠；相对熵；优化方法 引 言 蛋白质三级结构预测是分子生物学的热点问题之一，目前从蛋白质一级序列预测其三级结构的方法大 致可分为两类，一类是基于已知结构信息的同源模建m31、折叠子识别‘“1方法，另一类是基于热力学理论 的从头(abinitio)预测方法。同源模建方法是目前应用最成功的一种方法，对于序列同源性大于30％的蛋 白质序列，其预测结构均方根偏差可达到0。15 质，均方根偏差的值在0．30～0．75nnl之间【6】，这些方法都对已知结构的蛋白质序列依赖性很强，并且对理 Carlo 信息足以决定它的折叠结构，天然结构由序列残基问的物理相互作用决定，已有很多工作通过Monte 方法、分子动力学(MD)模拟‘81或其他被称为从头(ab 白质的结构。这些方法不借助于任何其他的基于知识的信息，有助于理解蛋白质折叠的动力学机制。根据 Anfinsen原理，蛋白质天然构象对应体系自由能最低的状态，但由于体系的熵很难精确求出，很多方法只 是优化体系的能量而忽略熵的效应，所以预测的结构并不对应自由能最小的状态。 我41Jd,组提出了基于相对熵的蛋白质从头折叠方法，采用相对熵代替传统的体系能量作为优化函数， 取得了较好的结果[11-131，表明该理论是可行且有效的，该理论实质上是在满足波尔兹曼分布的构象空间搜 索最大可能的构象，是对能量优化的改进，更接近于从自由能的角度考虑体系的优化。在以前工作的基础 上，进一步在接触势系综平均值的计算方法上进行了改进，用3态模型对真实蛋白进行测试，取得了满意 nm之间，从而验证了该方法的可行性，进一 的结果，预测结构相对于天然结构的均方根偏差在0．40加．60 步完善了该理论。 1 基于相对熵的研究蛋白质折叠的优化算法 1．1基本理论 量，其中，N为蛋白质残基总数，s，是第f个残基的类型，i是第f个残基ca原子的位置坐标，相对熵的 定义为： ¨7 G(r)=∑巴In(己／Po) ‘国家自然科学基金和国家教育部博士点基金(2004005013)资助项目 86 生物技术 州￡r)2焘P棚“．，’ zo(r)=；已删“，’ ∽’ ∽’ 驰4’r)2赤P删∽nI：I气．彳z∥)-X。e-pltO,r)ni‘彳 日(s，，．)=去∑u(_，JJ)A(亏一弓) (4) 鲁=与未G ㈩ (6) 尹一瓦‘=一移∑【(秽(_at，s』)一u