稳定同位素分析技术在环境微生物学研究中应用.pdfVIP

biomasstoethanol[J].ApplBiochemBiotechnol.1992，(34):639^-649 51李佐虎，岑沛霖.纤维素酒精的分散、辐合、并行系统 仁J].生物技术通报.1999,(4),27-29 稳定同位素分析技术在环境微生物学研究中的应用 张颖，任瑞霞，徐慧，陈冠雄 (中国科学院沈阳应用生态研究所陆地生态过程重点实验室，辽宁，110016) 摘要:稳定同位素分析是徽生物生态学研究的新方法，许多相关研究论文出现在不同的研究领域。本综述首先介绍生 物标记物的稳定同位素分析技术，基本的气相色谱一同位素比例质谱仪的应用，然后介绍一些利用’3C标记化合物在环境微 生物学研究中的应用。加人标记底物与生物标记物的稳定同位素分析相结合，可以直接鉴定环境中参与特殊底物代谢的微 生物类群。该项技术在微生物生态学，尤其是环境徽生物学研究中将发挥越来越大的作用。 关健词:生物标记物;PLFA;SIP;GC-C-IRMS;13C标记 引言 微生物生态学着重研究的是自然环境中微生物的菌群结构和功能的关系。虽然近期分子生物学的发展可 以鉴定环境中的微生物，但对它们功能的研究还局限于实验室的分离培养，或参与的代谢反应的测定。用这 些分离的微生物的代谢活性来间接地说明这些微生物在环境中的作用。这种方法的最大局限性在于自然环境 中的绝大多数微生物在实验室里是不容易培养的E[l]。不依赖于培养手段的，直接将环境中的微生物种群和 它的生物地球化学过程联系起来的方法研究正在发展起来，生物标记物的稳定同位素分析技术就是其中一个 最有力的工具。 生物标记物 (biomarkers)是由微生物产生的具有生物特异性的化合物。许多化合物如脂肪酸、醚脂、 核酸等是最具有代表意义的生物标记物。随着分析技术的发展，尤其是气相色谱一同位素比率质谱 (gas chromatography-combustion-isotoperatiomassspectrometryGC-c-IRMS)的发展，为生物标记物的稳定同位 素分析提供了高度敏感的分析手段。这项技术开始于20世纪90年代，已经在有机地球化学和医学领域得到 了广泛的应用，并形成了该类研究的标准方法。然而，它在微生物生态学和普通生态学领域的应用才刚刚开 始，近几年该技术的应用越来越多2〔-7],GC-c-IRMS技术通常用来测定一种化合物由于初级生产、呼吸和 同化作用所导致的同位素自然分馏作用C[e]。自然丰度技术可用来研究微生物对碳的同化作用[[5.9]，也可以用 来鉴定参与特定代谢过程的微生物类群 (如甲烷氧化作用 [3])。但稳定同位素在微生物生态学研究中广泛地 用做示踪研究。添加示踪物质与生物标记物的同位素分析相结合可以将微生物的种类 (生物标记物)、生物 量 (标记物的浓度)以及活性 (对同位素的同化能力)直接联系起来。这项技术的应用十分广泛，标记物可 以采用3‘C标记的碳酸盐或C02，或其他有机底物 (如’3C-乙酸盐、13C-甲苯等)，将代谢过程与特定的微生 物群落联系起来2〔,7,10,11].以DNA为生物标记物的稳定同位素探针 (stableisotopeprobing,SIP)技术，依 赖于高丰度稳定同位素标记底物的参与作用，然后通过选择性回收与分析同位素加富的核酸组分，鉴定代谢 活性微生物。DNA和rRNA是比脂肪酸更最具代表意义的生物标记物，SIP技术如果与基因芯片技术和环 境基因组学结合将具有更广阔的发展前景。 本综述将对稳定碳同位家 (13C)的生物标记物分析方法进行探讨，介绍生物标记物在环境微生物学研 究中的应用，最后讨论未来的发展方向。 1生物标记物 生物标记物应具有较高的特异性，即标记物只能由特异的微生物产生。然而特异性也不完全是绝对的， 还取决于生物标记物的惟一性、目标微生物在群落当中的相对丰度以及生物标记物在 目标微生物中的浓 度。如果目标徽生物只占主要群落的很小一部分，生物标记物的特异就必须更高。能够代表不同种群的标 47 记物更得到人们的重视，如核糖体小亚基rRNA以及细胞膜上的磷脂脂肪酸 ((PLFA)。对生物标记物的解 释依赖于对已分离的微生物标记物组成的了解。新分离的、以前还不能培养的微生物在不久的将来会大量 出现，因此，对它们的分析将对目前正在使用的生物标记物的评价和鉴定潜在的新的特异性的标记物非