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本体研究对生物医学检索的影响 李 维 [摘要]通过对本体研究的发展、构建方法的讨论，以及国际代表性的生物 医学本体数据库的介绍，认为以本体为基础工具的知识检索将为未来的生物医学检 索带来巨大的变化 [关键词]本体论；生物信息；知识检索 就是说，就象关于特定程序的形式化规格说明(形式化规约)，本体就是对那些可能相对于 某一智能体(agent)或智能体群体而存在的概念和关系的一种描述。这项定义与“ontology” 作为“概念定义之集合”的用法是一致的，但相对来说要显得更为通用。不过，这个单词在 此的含义却有别于哲学领域对它的用法。 在二十一世纪伊始的头几年，认知科学的跨学科项目一直在将这两个领域的学者群体拉 得更近。例如，有人谈到“哲学领域当中的计算机化转变”。在这种转变当中，包括哲学家 们分析计算机科学领域所编制的形式化本体(有时甚至还在工作Ifl直接运用计算机软件)， 而与此同时，计算机科学领域的研究人员也在越来越多地引用那些致力于本体论的哲学家们 的研究工作(有时甚至还是后者方法的直接结果)。不过，在这两个领域当中，依然有许多 学者并未顺从认知科学的这种发展趋势，并且仍继续相互独立地开展着自己的工作，分别从 事着各自的所关心的事情。 二本体的构成 就现有的各种本体而言，无论其在表达上采用的究竟是何种语言，在结构上都具有许多 的相似性。如前所述，大多数本体描述的都是个体(实例)、类(概念)、属性以及关系。在 这一节当中，我们将分别依次论述本体的这些构成要素。 常见的本体构成要素包括： 1． 个体(实例)：基础的或者说“底层的”对象 2． 类：集合、概念、对象类型或者说事物的种类。 3． 属性：对象(和类)所可能具有的属性、特征、特性、特点和参数 4． 关系：类与个体之间的彼此关联所可能具有的方式 5． 函式术语：在声明语句当中，可用来代替具体术语的特定关系所构成的复杂结构 6． 约束：采取形式化方式所声明的，关于接受某项断言作为输入而必须成立的情况的描述。 7． 规则：用于描述可以依据特定形式的某项断言所能够得出的逻辑推论的，if-then(前 因一后果)式语句形式的声明 8． 公理：采取特定逻辑形式的断言(包括规则在内)所共同构成的就是其本体在相应应用 领域当中所描述的整个理论。这种定义有别于产生式语法和形式逻辑当中所说的“公 理”。在这些学科当中，公理之中仅仅包括那些被断言为先验知识的声明。就这里的用 法而言，“公理”之中还包括依据公理型声明所推导得出的理论。 9． 事件：属性或关系的变化 在实现上，本体论是概念化的详细说明，一个Ontology往往就是一个正式的词汇表， 其核心作用就在于定义某一领域或领域内专业词汇的还以及他们之间的关系。这一系列的基 本概念如同工程一座大厦的基石，为交流各方提供了一个统一的认识。在这一系列概念的支 持下，知识的搜索、积累和共享的效率将大大提高，真正意义上的知识重用和共享也成为可 能。 本体论可以分为四种类型：领域、通用、应用和表示。领域本体包含着特定类型领域(如 185 电子、机械、医药、教学)等的相关知识，或者是某个学科、某门课程中的相关知识；通用 本体则覆盖了若干个领域，通常也称为核心本体；应用本体包含特定领域建模所需的全部知 识：表示本体不只局限于某个特定的领域，还提供了用于描述事物的实体，如“框架本体”， 其中定义了框架、槽的概念。 可见，本体论的建立具有一定的层次性，在教学领域而言，如果说某门课程中的概念、 术语及其关系看成是特定的应用本体，那么所有课程中的共同的概念和特征则具有一定的通 用性。 三本体的应用 在实际的应用中，本体论学者、知识管理、人工智能、情报学(图书馆学)甚至任何一 个具有大量需要归类和划分信息的部门及领域都可以成为本体论的应用对象。本体论的基本 后各个类和概念之间加入了适合的关系(relation)后，形成了一个简单的本体。概念和类 使之与现实情况相符合。 构建本体最为常用的软件是由斯坦福大学开发的Protege，最初是应用在医学领域，后 来被逐渐的扩展至其它领域。 构建本体的简单步骤是： L列出研究课题所涉及到的词条(terms) 2．按照词条的固有属性和专属特征进行归纳和修改，对词条建立类(class)以及层级化的 分类模型(taxonomy) 3．加入