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第34卷增刊 河北工业大学学报 2005年8月
JOURNAL0FHEBEI 2005
V01.34增刊 UNIVERSITY0FTECHNOLOGY August
基于Isomap的高维数据可视化研究
李春伟,吴清
(河北工业大学计算机科学与软件学院,天津300130)
摘要:Isomap是一种新的非线性降雏方法,应用它可以发现隐藏在高维数据内在的结构特性,可以将数据可视
化.将Isomap应用到高维乳腺癌病理数据进行可视化实验,实验结果说明Isomap具有很强的降维能力并保持数
据的内在结构不变的特性.
关键词:降维;高维数据;可视化
0引言
真实世界的数据往往是高维的,难于被人理解、表示和处理.高维数据的可视化是目前机器学习研
究的焦点,降维技术是高维数据可视化的一个重要手段.利用降维技术,可得到高维数据在低维空间中
的可视化投影,从而可以发现隐藏在高维数据内的聚类性质、空间分布等结构特性.
在的几何特性,获得流形上数据点之间的测地线距离.与传统的线性降维方法PCA和MDS不同,利用
Isomap可以求得高维数据的本质维数,将本质维数较低的高维数据投影到低维空间,从而使得对高维
数据的直接观察成为可能.
1 Isomap算法
键是估计远点(非邻域点)之间的测地线距离.对于邻域点,由输入空间可直接近似获得其测地线距
离;对于非邻域点,其测地线距离可近似为一系列邻域点的测地线距离之和.样本间的测地线距离可近
似为高维空间邻域图中两点间的最短距离.
Isomap算法的主要步骤如下:
一个点与所有的点进行比较,当两点之间的距离小于固定的半径£(或f是,的缸邻域)就认为它们是
相邻的,将其连接起来,边长为巩(f,力,得到有权图G.通过计算最短路径如(‘力的方法,估计流形
短路径组成的.
Isomap给出了确定降维维数的准则,它定义了残差e。来衡量降维的误差叫:
e一=1一帮(D6,瑚
其中:协是d维空间中的欧式距离矩阵;R2表示线性相关系数.降维维数d越高,残差越小.在两种
情况下Isomap可以确定降维维数d,一是当残差曲线出现拐点;二是当残差已经小到一定的阈值.
收稿日期:2005.05.10
作者简介:李春伟(1975·),女(汉族),硕士生
增刊 李春伟,等:基于Isomap的高维数据可视化研究
2高维数据的可视化实验
在医学研究中,最常见的数据形式是非线性的高维向量.医学数据的可视化,已成为数据可视化领
域中最为活跃的研究领域之一.下面采用乳腺癌病理数据来做实验.
2.1实验数据
乳腺癌是临床上比较常见的一种癌症,特别是女性患者比较多.区分乳腺癌的良性肿瘤和恶性肿瘤
BreastCancer
在临床上具有重要的意义.乳腺癌病理数据来源于Wisconsin
WisconsinBreastCancer
状一致性,边缘粘连,单上皮细胞尺寸,裸细胞核,正常染色质,正常核仁核有丝分裂)、样本类别.
BreastCancer
在所获得的Wisconsin
240个.
2.2实验结果与分析
在此次实验中,用到了文献B1提供的Isomap算法的matlab
代码压缩包.经过合适的参数选择,选取邻域点数后=7.针对数
据集的特点,对已有的代码进行了修改.
从图1的曲线形状看,数据集降到2维时出现了拐点,而且
从残差(residualvariance)的绝对值来看,降至2维时残差已经小
于o.5,从而可以得到乳腺癌病理数据的本质维数为2维.同时
也说明了Isomap具有很强的降维能力.
从图2的投影图中可以看出有主要有两个聚集块,这两个聚
集块很可能是良性肿瘤聚集和恶性肿瘤聚集,表现了乳腺癌数据
图1乳腺癌数据的Isomap的残差曲线
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