河南汉族人群16个 Y-SNP 位点遗传多态性.pdfVIP

· 64 · JournalofForensicMedicine，February2015，Vo1．31，No．1 河南汉族人群 16个Y—SNP位点遗传多态性 孙许朋 ，杨世平 ，武红艳 ，郭娟宁 ，岳俊涛 ，樊爱英 1．新 乡医学院法医学系，河南 新 乡 453003；2．许 昌市公安局犯罪侦查支队，河南 许 昌 461000 关键词：法医遗传学；Y染色体；多态性，单核苷酸；河南；汉族 中图分类号：DF795．2 文献标志码：B doi：10．3969／j．issn．1004—5619．2015．01．018 文章编号 ：1004—5619 2015 01—0064—02 Y染色体呈父系遗传 ，不易受重组和回复突变的 河南地区汉族男性无关个体血样 。常规 Chelex一100 影响，在涉及性犯罪 、追溯父系同代 、隔代亲权鉴定等 法提取基因组 DNA，一20℃保存备用 。 方面具有应用价值。本研究对河南汉族人群 16个 Y— 根据国际Y染色体协会提出的系统树fll，挑选在 SNP位点的多态性进行调查 ，旨在为法 医学应用和群 东亚群体 中多态性较好 的 l6个 Y—SNP位点 M9、 体进化研究提供基础数据。 M89、M95、Mll9、M122、M214、P136、P148、P164、P191、 P196、P197、P198、P199、P200、P201 。用 PrimerPre— 1 材料与方法 mier5．0软件 自行设计 PCR扩增引物和 SNaPshot微 1．1样本收集与位点选择 测序引物 ，由大连宝生物有限公司合成 ，引物序列见 收集由许 昌市公安局犯罪侦查支队提供的 176份 表 1 表 116个 Y—SNP位点的引物序列和 SNaPshot微测序 引物 1．2扩增 循环 ：72℃ 15min。 分别对男性 DNA样本的 16个 Y—SNP位点进行 1．3SNaPshot微测序 单独扩增 以验证其准确性 ，PCR扩增体系为 25 L， SNaPshot微测序反应前取 1．5 LPCR产物 。加 包 括 ：1~PCR缓 冲液 、200~mo]／L dNTPs、2．0mmol／L 入 0．5U虾碱性磷酸酶 1U／p~L，2U核酸外切酶 I MgC12、1UAmpliTaqGold~DNA聚合酶。扩增条件 ： Exo—I 10U／L，置入 2720型扩增仪 美国AB公 94℃ 11rain；94oC60S，62℃ 60S。72℃ 60S，32个 司 进行反应 ，37℃孵化 60rain，80℃灭活 15min SNaPshot微测序采用 5 L反应体系，内含 1．5 L 作者简介 ：孙许朋 1982～ ，男，河南许 昌人 ，硕士，主要从事 SNaPshot反应混合液，1．5 L纯化后的PCR产物和 法 医病理学教学、科研和检案工作 ；E—mail：speng8208@126．com 通信作者 ：樊爱英 ，女 ，教授 ，硕士研 究生导师 ，主要从事法 医 1L单碱基延伸引物。循环条件 ：96qcl0s，50℃5s． 学教学 、科研和检案工作 ；E—mail：fay65@163．eom 60℃ 30S，共 25个循环 。向SNaPshot微测序反应的 法 医 学 杂 志 2015年 2月 第 31卷 第 1期 · 65 · 产物 中加入 1U虾碱性磷酸酶 1U／I~L ，37 孵化 表 2河南汉族群体 l6个 Y—SNP位点的 60min，80qC变性 15min。 基因频率和基 因多样性 f ： 176 1．4 电泳检测 PCR扩增产物采用 3130遗传分析仪进行毛细管 电泳 ，GeneMapper~IDv3．2软件分析数据。 1．5统计学分析 用直接计数法计算各基因座等位基因频率及单倍 型频率 ，基因多样性 genediversity，GD 及单倍型多样 性 haplotypediversity，HD 计算均按公式：GD HD nil一∑ P, ql n一1 。式中凡为样本数 ，为基因频率 或单倍型频率 。 2 结果与讨论 对 16个 Y—SNP位点分别成功进行 了扩增 ，其片 段大小为 100～400bp。16个 Y—SNP位点在河南汉族 群体均呈多态性分布。其等位基因频率和单倍型频率 分布及群体遗传学参数详见表 2～3。 表 3河南汉族群体 18种单倍型频率分布 n ： 176 本研究 16个 Y—SNP位点多态性分布较好 ．GD 关系提供了宝贵的遗传资料 。 为 0．1104～0．5016，M95的GD值最低 。由于 Y染色 参考文献 ： 体上的遗传标记存在连锁 ，故实际检出的单倍型数量 [1】KarafetTM