猪APC基因家族的电子克隆，表达与其生物信息学分析.pdfVIP

2h AnimalGeneticMarkers 112 ofthe1 National on Proceeding Symposium 猪APC基因家族的电子克隆，表达及其生物信息学分析 邵淑敏蒋思文 农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室农业部猪遗传育种重点开放实验室， 华中农业大学，武汉430070 引言 腺瘤样结肠息肉易感基因(adenomatouscoli，APC)基【天l是家族性结肠息肉瘤 polyposis adenomatous (family polyposis，FAP)以及散发性结肠癌的抑癌基因，该基因的突变与癌症 的发生有密切关系。近来研究发珊尸C基闪编码的APC蛋白是一个多功能抑制肿瘤的蛋白家 族，直接参与Wnt的信号传导途径。最近研究发现4PC可能通过调节B一连环蛋白来调节细胞 内功能，包括细胞问粘连、细胞骨架结构、调节斑珠蛋白水平、调节细胞增殖和分化、细胞 凋亡和不对称干细胞分裂的方向、控制细胞极化等。在猪上对该基因家族的研究尚无公开报 道。 材料方法 以人APCI和彳PC2基因的mRNA序列为探针，利用NCBI数据库所公布的猪高通量基 因组测序的序列，采用“电子克隆“的方法得到猪的cDNA序列；再根据获得的eDNA序 列设计特异引物，采用RT-PCR技术，克隆验证得到含完整编码区cDNA序列的猪APCI和 域、分子量、等电点等理化性质，推测其结构与功能；利用MEGA4．1软件绘制猪APC基 因家族的进化树：利用半定量RT-PCR方法进行猪4Pa和APC2基因的组织表达分析。 结果 利用电子克隆的方法得到猪APCI基因8981 bp序列，包含一个最长为8544bp的ORF， 编码2847个氨基酸，其编码的蛋白质分子量为312．158KDa，pI为7．74，有359个负电荷 性蛋白，无疏水性跨膜结构区域；保守结构域预测发现该蛋白含有 1结合区域，APC ARM(Armadillo／beta．catenin．1ikerepeats)重复序列，APC碱性结构域，EB 富含半胱氨酸区域，APC肿瘤抑制蛋白Ⅸ域。利用同样的方法得到猪APC2基因7067 bp序 列，包含一个最长为6798 bp的ORF，编码2265个氨基酸，其编码的蛋白质分子量240．871 该蛋白位于细胞核内，为亲水性蛋白，无疏水性跨膜结构I(域；保守结构域预测发现该蛋白 含有ARM重复序列，A．PC肿瘤抑制蛋白|xI域，APC碱性结构域。利用数据库已有的各物 猪APC基因家族与人，鼠，牛等哺乳动物的亲缘关系最近，鸡，鸭嘴兽，斑马鱼次之，黑 腹果蝇最远。猪APC基因家族在各组织中广泛表达，其中在心，肺，肾，胃中高表达。 讨论与结论 么尸C通过调节B—catenin的水平，抑制Wnt信号通路，从而控制肠、皮肤、免疫系统、骨、 脑中的细胞增殖和分化。APC缺失可造成许多外胚层衍生的扁平上皮发育异常，其在胚胎细 胞的命运和器官中上皮细胞的命运是有关键作用，同时研究发现彳PC2基冈在缺乏野生型 APCI基冈的结肠癌细胞中表达可抑SqWnt信号通路，其抑制程度与APCI基因相似，在果蝇 中，两者都可抑制人癌细胞中的Wnt信号通路。本研究首次在猪中分离得到了猪APCI和APC2 基因的序列，并对其进行了生物信息学分析，并分析了该基因家族的表达情况，为进一步在 细胞水平上验证其功能奠定了坚实的基础。