安徽省人乳头瘤病毒16型全基因组的结构特征.pdfVIP

· 1456 ‘ 安徽医科大学学报 ActaUniversitatisMedicinalisAnhui2014Oct；49(10) 安徽省人乳头瘤病毒 16型全基因组的结构特征 孙云峰 ，江 彤 ，陈传俊 摘要 目的 克隆安徽省人乳头状瘤病毒 l6型(HPV16)全 例宫颈癌病理样本中含 HPV16，并对其全基因组进 基因组 ，分析HPV16全基因组序列并了解其结构特征。方 行了序列分析，旨在进一步了解 HPV16一Anhui基因 法 收集5例安徽省宫颈癌病理组织标本并提取总 DNA， 组变异规律。 设计4对特异性引物分段克隆HPV16全基 因组，测序后进 行序列拼接及核苷酸序列分析。结果 检测到1个宫颈癌 1 材料与方法 病理样本 中含有 HPV16并获得全基因组序列，序列全长 7906nts(GenBank登录号：KC935953)。序列比对显示 ，安 1．1 试验材料 5例样本采 自安徽医科大学第三 徽HPV16(HPV16一Anhui)与泰国HPV16和 日本 HPV16的 附属医院2012年 1月一5月间宫颈癌病理组织，术 全基因组核苷酸序列相似性最高，达 99．5％。系统关系树 中切取的新鲜样本保存于一70oC。OmegaD339601 分析显示，HPV16一Anhui与其他7个HPV16型聚成 1个单独 TissueDNAKit购 自美国Omegabio—tek公司；Taq 的分支。结论 获得安徽省首例 HPV16全基因组核苷酸序 DNA聚合酶、LongTaqDNA聚合酶购 自北京天根生 列，HPV16一Anhui与不 同地区HPV16亲缘关系均较近且基 物公司；TaKaRaMinibestAgaroseGelDNAExtraction 因组变异性较小。 Kit、pMD18一T载体、T4连接酶购 自日本 TaKaRa生 关键词 人乳头状瘤病毒 16型；全基因组；克隆；序列分析 物公司；大肠杆菌细胞株DH5ot为本实验室保存。 中图分类号 R730．261 1．2 引物的设计与合成 在GenBank中下载不同 文献标志码 A 文章编号 1000—1492(2014)10—1456—05 的HPV16全基因组序列并用 DNAStar(DNASTAR Inc，Madison，美国)软件进行序列比对，将HPV16全 人乳头瘤病毒(humanpapiUomavirus，HPV)属 基因组分成4个区段，即HPV—A、HPV—B、HPV—C和 于乳多空病毒科 (Papovaviridae)乳头瘤病毒属 HPV—D，分别设计4对特异性引物进行PCR扩增。4 (Papillomavirus)，HPV基因组全长约8000nts，分 对引物分别为：HPV．AF (5．ATCGATGGGcCTGTG． 为早期表达区 (earlyexpressionregion，E)、晚期表 TAGGTGTFGAG-3)，HPV—AR (5-GTCGACGATGAG 达区 (1ateexpressionregion，L)和上游调控区 (up． streamregulatoryregion，URR)3个区域…。早期各 GTGGTGGGTGTAGCT-3)；HPV—BF (5-CCAGGAG． GCACACTAGAAGATAC-3)，HPV—BR (5-CTCATG- 国学者 采用 HPV新型别被发现的先后顺序进行 编号，OrthetalL3j从寻常疣中分离出世界上最早的 GCGCCCrITI1CTACCT一3)；HPV