核酸-蛋白质互作的生物化学研究方法.pdfVIP

HEREDITAS (Beijing) 2009 年 3 月, 31(3): 325―336 ISSN 0253-9772 技术与方法 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2009.00325 核酸－蛋白质互作的生物化学研究方法 张金璧, 潘增祥, 林飞, 马雪山, 刘红林 南京农业大学动物科技学院, 南京210095 摘要: 研究核酸－蛋白质的互作是揭示生命活动机理的基础, 文章简要综述了用于研究核酸－蛋白质互作的 各种生物化学方法。从体内、体外两个研究角度, 针对核酸、蛋白以及复合物 3 个研究水平, 概述了硝化纤维 膜过滤实验、足迹法、EMSA 、Southwestern 杂交等经典分析方法的原理、发展和运用。还着重介绍了最近在 表观遗传学领域中广泛运用的 nChIP 、xChIP 等基本染色质免疫沉淀(ChIP)技术及其衍生出的 ChIP-on-chip 等 方法。 关键词: 核酸; 蛋白质; 互作; 足迹; 染色质免疫沉淀 Biochemical methods for the analysis of DNA-protein interactions ZHANG Jin-Bi, PAN Zeng-Xiang, LIN Fei, MA Xue-Shan, LIU Hong-Lin College of animal science and technology, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China Abstract: Investigation of DNA-protein interactions is fundamental to understand the mechanism underlying a variety of life processes. In this article, various types of biochemical methods in DNA-protein interaction study in vivo and in vitro at the level of DNA, protein, and the complex, respectively were briefly reviewed. Traditional assays including Nitrocellulose filter-binding assay, Footprinting, EMSA, and Southwestern blotting were summarized. In addition, chromatin immunopre- cipitation techniques including nChIP, xChIP, and ChIP-on-chip, which were widely used in epigenetics, were particularly introduced. Keywords: nucleic acid; protein; interaction; footprinting; chromatin immunoprecipitation (ChIP) 核酸－蛋白的互作在生命活动中发挥着广泛而 生物化学法主要利用酶或其他化学制剂, 通过 重要的作用, 二者的协作是各种生命现象的基础。 切割、修饰等作用来分析或分辨存在相互作用的核 将细胞或细胞器中的蛋白质、核酸等生物大分子的 酸和蛋白复合物, 研究其间潜在或实际的结合能力 相互作用联系起来, 是综合研究一个完整的生物学 和结合方式。其中DNase Ⅰ、ExoⅢ足迹法以及更加 途径的核心内容[1] 。近半个世纪以来, 研究者们在核 精练的足迹技术, 如羟基自由基足迹分析、保护/干 酸－蛋白质复合物的构成和分解过程中进行了大量