hsa-miR-17-92cluster和其同源体的生物信息学分析.pdfVIP

hsa-miR-17-92cluster及其同源体的生物信息学分析 史春梅1,2 徐广峰3陈玲1,2 赵亚萍3倪毓辉1,2 杨蕾1,2 季晨博1,2 郭锡熔1,2 1.南京医科大学附属南京妇幼保健院儿童保健科，南京2100042.南京医科大学儿科研究所 南 京，2100293.解放军第八十二医院检验科，江苏淮安223001 [摘要]目的：对hsa-miR-17-92cluster及其同源体进行系统的生物信息学分析，预测其可能 参与的生物学过程，为深入研究其在脂肪细胞分化、肥胖发生等过程中的功能与机制奠定基础。方 法：①应用Pubmed、Google等信息搜索工具查找hsa-miR-17-92cluster及其同源体的所有研究， 综述已有研究进展;②应用miRBase获取hsa-miR-17-92cluster及其同源体的各成员序列，并分 析其序列特征及保守性；③应用NCBIblast、NCBImapviewer、UCSCBrowser工具分析hsa-miR-17-92 cluster及其同源体的所在基因组序列特征；④应用TargetScan，PicTar及miRanda预测 hsa-miR-17-92cluster及其同源体的靶基因，取三者预测结果的交集，进一步进行功能注释(Gene Ontology)和Pathway富集分析 (PathwayEnrichment)。结果：①现有研究提示hsa-miR-17-92 cluster及其同源体在脂肪细胞分化、肿瘤、心脏及肺发育、免疫系统和血管形成等生物学过程具 有重要作用；②hsa-miR-17-92cluster及其同源体进化上高度保守，根据种子序列同源性可分为 四类，且在多物种间非常保守；③hsa-miR-17-92cluster及其同源体的预测靶基因的功能，与细 胞周期、细胞粘附、Wnt、TGF-β信号、P53、MAPK等信号通路具有较大的相关性，可能参与了前列 腺癌、胰腺癌、结肠癌等多种疾病通路。结论：通过对hsa-miR-17-92cluster及其同源体系统的 生物信息学分析，我们初步阐明了miR-17-92cluster及其同源体的基本生物学特征，并为 miR-17-92cluster后续研究提供了功能与机制的线索。 [关键词]miR-17-92;miRNA;生物信息学;脂肪细胞;肥胖 分化及调控脂质代谢的具体作用机制仍有待于进一步阐明。本文通过生物信息学阐述miR一17—92 cluster及其同源体的已有文献报道其参与的生物学过程及功能、通过生物信息学分析其各成员序 列保守性和序列特征，并预测miR_17-92cluster及其同源体的靶基因，对其靶基因进行功能富集 分析、信号转导通路富集分析，为后续阐明miR-17—92cluster及其同源体在脂肪分化及调控脂质 代谢中的作用与机制提供理论基础。 1．材料与方法 1．1数据来源网站选择Pubmed、Go091e等信息搜索工具综述miR一17—92cluster已有文献报道的 blast、NCBI miRNA序列，分析miR—17—92cluster序列保守性及序列相似性；选择NcBImapviewer、 UCSCBrowser工具分析hsa_miR_17—92cluster及其同源体的所在基因组特征；选择DIANA LAB—TarBase5．0 (http：／／diana．cslab．ece．ntua．gr／tarbase／)选择 TargetScan5．1“。 PicTar¨。 miRandaw。 (http：／／pictar．bio．nyu．edu／)、 (http：／／www．targetscan．org／)、 cluster的靶基因，将其结果的交集 (http：／／www．microrna．org／)三种计算方法预测miR-17—92 作为进一步分析可能参与脂肪细胞分化的靶基因集合。 cluster 预测靶基因集合进行Go注释描述，分别提取到G0注释汇总信息