基于流式细胞术赤芝基因组大小估测.pdfVIP

基于流式细胞术赤芝基因组大小估测.pdf

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基于流式细胞术的赤芝基因组大小估测 李秋实,徐江,朱英杰,孙超,宋经元‘,陈士林 (中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所,濒危药材繁育国家工程实验室北京100193) 摘要:目的估测赤芝基因组大小。方法以药典规定的灵芝正品来源赤芝6anodermalucidum作为研究对 象,利用己完成全基因组测序的黑曲霉Aspergillusniger作为内标,通过机械破碎菌丝体的方法获得合 适浓度的细胞核悬液,碘化丙啶荧光染色后成功应用流式细胞术进行基因组大小估测。结果经过优化材 料培养、样品制备、上机分析等实验条件,估测得出赤芝基因组大小48.98±0.60Mb,为赤芝基因组学研 究提供重要数据。结论该方法简捷稳定,在蕈菌范围内,赤芝基因组大小估测值首次得到其全基因组测 序数据与光学图谱结果验证,为蕈菌基因组学研究提供重要技术平台。 关键词:基因组大小;蕈菌;赤芝;流式细胞术 Si TheEstimationofGenomezeof6anodermalucidumBasedonFlow CytometricAnalysiS El Chao,SONG Shi-lin Qiu—shi,XUJiang,ZHUYing—jie,SUN Jing—yuan+,CHEN National for of Medicinal Institute (The Laboratory Materials Engineering BreedingEndangered ofMedicinalPlantBe Chinese ofMedical UnionMedical velopmenC Academy Sciences毋PekingCollege, 100193,China7勺 Beijing Toestimatethe sizeofGanodermalucidum.肛THoDSThePI-stained Abstract:0BJEcTI、,E genome ofnucleiwere mechanical from suspensions by disintegration prepared myceliumpellet. wasusedastheinternalstandard.Material Aspergillusniger cultivation,samplepreparation, Flow werealSOmodified.RESULTSTherevealed sizeof岔lucidum cytometry(FCM)setup genome iS48.98±0.60Mb.ThiSwork desnew forfutureresearch provi knowledgeon岔]ucidum,important on Theestimatedvaluewas verified genomics.CONCLUSION firstly bynext—generationsequencing afeasible for (NGS)andoptic

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