四向杂交设计QTL分析极大似然方法.pdfVIP

四向杂交设计QTL分析的极大似然方法 敖雁徐辰武 (扬州大学数量遗传研究室，江苏扬州225009) 摘要QTL图谱的构建方法及其利用研究是数量遗传学在近年的新发展。为此，国内外已 发展了许多QTL作图的统计方法和相应分析程序。然而这些方法均是依据双亲本杂交衍生 的分离群体(如1：2，BC，DH，RIL等)进行QTL作图。双亲本杂交设计的主要缺点是统 计推断空间非常狭窄，QTL作图结果不能推广到其它组合。Xu率先提出的用于QTL作图 的四向杂交(four-way 离群体的一种交配设计。由于该设计包括4个纯系亲本，可以同时估计和检测多个QTL效 应，因此能够增加QTL检测的统计功效。实际上，利用四向杂交设计进行QTL分析相当于 同时进行2个常规组合的QTL分析。只要任一杂交组合在QTL位点存在等位基因的差异或 这2个组合涉及的4个亲本在QTL位点存在等位基因的差异，均有可能检测到相应的QTL。 因此，可以增加发现QTL的机会。尽管国际上已经提出基于四向杂交设计的迭代重新加权 least 最小平方(Iterativelyreweighedsquares，IRWLS)QTL作图方法，但由于该方法忽略 了双侧标记基因型内QTL基因型的混合分布特性，因此当QTL位置和标记的位置不重合时 IRWLS方法的作图精度较低。 本研究根据四向杂交设计的数量遗传模型，发展出基于四向杂交设计和混合分布理论 的QTL作图的极大似然估计方法。该方法首先利用染色体上所有标记基因型联合计算该染 色体上任一假定位置QTL的条件概率，然后根据混合分布理论建立了基于EM算法实现的 QTL作图的极大似然估计方法。该方法可同时估计利检测多个QTL效应，包括反映纯系亲 本PI和P2等位基因差异的第1加性效应，反映纯系亲本P3和P4等位基因差异的第2加性 效应，以及反映PI、P2和P3、P4等位基因间互作的显性效应；通过似然比测验可知染色体 上某一假定QTL位点是否存在QTL，用这种方法每隔1或2个cM进行全基因组搜索，从 而得到QTL的似然图谱，以之推断各染色体上是否有QTL以及QTL在染色体上的位置。 以计算机模拟数据研究了QTL遗传力、样本容量和分子标记信息含量3个因素对方法 的影响，结果表明：(1)在QTL的被发现能力上，标记信息不完全的四向杂交设计仅略低 于信息完全时的四向杂交设计；(2)各处理在QTL位置和效应的估计上均很准确，且随着 QTL遗传力、样本容量和标记信息含量的增大，QTL位置以及效应估计值的准确度和精确 度逐步提高。 此外，四向杂交设计还可看作是一个广义设计。例如，P1和P3亲本在QTL位点携带的 等位基因以及P2和P4亲本携带的等位基因相同时，此时的FW群体相当于传统的F2群体； 而当Pl、P2和P3亲本或PI、P2和P4亲本携带的等位基因相同时．FW群体则相当于传统 的BC群体。故F2和BC设计仅是四向杂交设计的2个特例，可以将之综合于同样的分析 程序。为此，本研究用SAS宏语言编制完成一个用于FW群体QTL分析的综合程序 (QTL．BY．SAS)一套，可同时用于FW群体以及F2和BC群体的QTL作图。 关键词四向杂交设计；QTL作图：极大似然估计：EM算法 通讯作者：徐辰武(1965．)，教授．E-mr,H：qtls@yzu．edu．?n；Tel．：0514．7979358。 10