牛FTO基因功能结构生物信息学分析.pdfVIP

第一部分遗传育种及产业发展趋势 牛FTO基因功能结构生物信息学分析 刘建阎萍梁春年郭宪包鹏甲 裴杰丁学智褚敏吴晓云焦 斐 (中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所，甘肃省牦牛繁育工程重点实验室，甘肃兰州730050) 中图分类号：$823．2 文献标识码：A 引言 Fro(fatmassand obesity 等在首次在小鼠中克隆出这个基因。近年来，随着对Fro基因的研究，多个单核苷酸多态性位点经 证实与肥胖有关，并确定FrO基因通过调节食物摄入和机体内脂肪代谢活动发挥其功能拉J。FrO基 因定位于牛的18号染色体上，Wei等【3】人检测了五个中国地方黄牛品种FrO基因的多态性，发现第 五外显子C1071T突变位点与牛的背膘厚和背最长肌面积有显著的关联性。柴继杰等人一懈析了肥胖 基因的蛋白质结晶结构，发现了该蛋白质是一种具有双加氧酶特征的大分子。本研究用生物信息学方 法对牛FrO基因其编码产物的蛋白质结构进行预测和分析，旨在为进一步开展牛该基因编码蛋白结 构及其生理功能等方面的实验研究提供基础研究资料。 1材料与方法 进行分析其功能和结构。 2结果与分析 2．1 FIIO基因 在内含子，4个在外显子，但是都没能改变其氨基酸序列，对FrO基因的产物功能不会造成影响。人 的FrO基因已报告突变位点多达286个，极个别突变甚至导致蛋白质失活。牛的FrO基因的位置位 于18号染色体，而人的位于16号染色体，猪的位于6号染色体。牛的18号染色体包含的基因，在 人的16号、19号染色体上，在猪的6号(大部分)、3、14、16(小部分)染色体上。 2．2 FI．O蛋白 本研究受国家肉牛牦牛产业技术体系(CARS．38)和公益行业农业科技专项(201003061)资助。 ·109· ‘中国畜牧兽医学会养牛学分会2011年学术研讨会，论文集 牛的FrO基因编码蛋白序列，发现在6个蛋白功能结台位点r没有发牛改变，且所有功能结台位点 都位于14个B折叠匣域，并在该区域上没有差异，在金属离子3个结合位点没有变化，在人类蛋白 诱导突变位点没有在人和牛FTO蛋白差异的位点l，在人自然突变位点404号氨基酸和』、牛差异位 点一致，在FrO蛋白的2个转角区域的其中一个存在差异位点，但是替换的氨基酸是相似的．可能 不对蛋白质结构改变。运用SPDBv_404分析发现，牛的FTO模拟蛋白结构．在主要结构、功能位 点位置、都十分接近(如图1)。在对存在的62个不同氨基酸位点进行标注，发现结合位点区域和 金属离子结合区域附件都没差异存在(如图2)，且在结合区域的一个方向上没有差异(如图2圆圈 所示区域)。当在以结合区域为中心以15倍原子距离寻找周围氨基酸时，没有发现任何差异氪基酸。 当咀20倍原子距离寻找时．在功能结台区域发现2个差异氪基酸(G111314和Serl95)。 《挚 0 0 —譬-嚣 ／、、_-．口1 气≯ l || 围I(SPDBV404过程截图)o Fil结果。04为在人FrO蛋白结构图±标注与牛FTO蛋白 建立基于^Fro蛋白的模拟结构．03为进行重复Ma目c 差异氨基醣，05以功能结台区域和特殊基团为中。寻拽到的区域。 3讨论 本研究通过分析牛的FFO基因及其蛋白的结构．发现牛与人差异氨基酸在离功能结合区域远的 表面．这些变化可能影响PTO蛋白的活性，但不会使蛋白质失活。在研究中发现离FTO蛋白质功能 结合区域最近的变异位点，与该蚩白的活性相关性较高，说明在距离功能结合区域越近的氨基酸位点， 产生变化的可能性越小．越能代表各个物种的特点。在和其他物种对比发现，物种关系越近，离功能 区域差异位点一致性越高。上述分析结构发现的功能结合区域的一个方向不存在差异，推测该方向是 Frl?O蛋白质与其它蛋白质