概率主方程的研究综述.pdfVIP

第 39卷 第 1期 江西师范大学学报(自然科学版) Vo1．39No．1 2015年 1月 JournalofJiangxiNormalUniversity(NaturalScience) Jan．2015 文章编号：1000~862(2015)01-0001-06 概率主方程的研究综述 周天寿 (中IU大学数学与计算科学学院，广东广州 510275) 摘要 ：反应网络广泛存在于自然系统中．原理上，概率主方程对任何反应网络系统的随机行为提供了最 为完整的数学模型．然而，分析和模拟这种类型的方程长期以来是一项挑战性任务．至 目前为止，有关问 题并没有得到根本解决，相关研究仍在继续．该文对概率主方程的研究进展进行了较为系统和全面的综 述 ，聚焦于若干常用的近似分析方法(如线性噪声逼近、普通矩封闭法、2项矩方法等)与常用的数值方法 (如Gillespie随机模拟算法、有限状态映射法、矩封闭格式等)．特别地 ，分析了概率主方程研究取得缓慢 进展的主要原因，讨论并提出了可能的解决方案． 关键词：反应网络；概率主方程；矩封闭方法；随机模拟 中图分类号：0242；Q332 文献标志码 ：A DOI：10．16357／j．cnki．issnl000．5862．2015．01．0l 应倾向函数为a(n。，：，n，)：knn：，化学计量矩阵为 0 引言 = [一1，一1，1]T；又例如，对于简单的反应式：+ y，相应的反应倾向函数为n(n，n：)= 反应网络广泛存在于 自然系统中，如化学领域 kn(凡一1)／2，化学计量矩阵为 =[一2，lr． 的BZ(Zaikin—Zhabotinsky)反应…、生物学领域的基 记 =[5∽…，sM]T，用P(n；t)表示物种置在 因调控网 引、生态学领域的微观种群模型4【等．由 时刻 t有n个分子的概率 (这里 1≤i≤Ⅳ)，并假定 于反应物种分子低 的拷贝数，因此这些系统的行为 系统状态的变化是一个马氏过程 (即当前的状态不 本质上是随机 的．确定性方程 (即 ODE方程)的描 依赖于其历史)，则概率主方程可表示为 述常常无效 ，需要发展随机格式 (即需要检查系统 = ∑M[a 中反应物种分子的联合概率分布)．假如所有涉及 i(万一 )P(聘一 ；)一 的反应事件是马氏的，则概率主方程对任何反应网 凸(J1)P(万；￡)]． (1) 络系统的随机行为在原理上提供了最为完整的数学 这里，求和括号中的第 1项表示第i个反应式的 模型(实际仅提供了一种建模思路)．简单来说，概 流进概率，第2项表示此反应的流出概率．对于给定 率主方程描述出反应系统中所有反应物种分子的联 的反应网络，为了写出相应的概率主方程，关键是确 合概率分布的时间演化 J． 定倾向函数向量及化学计量．注意到：格式(1)并没 为帮助读者理解