奶牛能量负平衡基因集富集分析.pdfVIP

统计遗传学、数量遗传学和生物信息学 奶牛能量负平衡的基因集富集分析 赵洪波，王起山，潘玉春 上海交通大学农业与生物学院，上海200240 关键词：奶牛；能量负平衡：Affymetrix基因芯片：基因集富集分析 引言 奶牛繁殖力低的最常见原因之一，是能量供给不能满足它的需求或是能量处于负平衡状态(NEB)。长时间营养 不良或者急性限饲，容易导致能量负平衡的发生。在泌乳早期，大多数奶牛由于不能摄入足够的能量而总是处于 能量负平稳状态。目前研究集中在NEB对首次排卵的影响、对繁殖性能的改变、高蛋白日粮对繁殖的影响以及减 芯片进行NEB影响奶牛基因表达变化的研究已有报道，原作者进行了差异表达基因筛选，并对筛选的基因进行了 通路分析。但差异表达基因的筛选，通常是得到一个差异表达的基因列表，只有那些差异表达显著的基因才受到 关注，然而，在基因组转录水平的表达谱数据中，差异表达显著的基因只占很少的部分，大部分的基因对于不同 类型的样本只表现出细微的表达变化。基因集富集分析检测基因集合而不是单个基因的表达变化，因此可以包含 这些细微的表达变化，得到更为理想的结果。 材料与方法 负能量平衡(mild energybalance，MNEB)和严重负能量平衡(severenegativeenergybalance，SNEB)， negative 程在R软件中进行。数据预处理用RMA算法，差异表达基因筛选采用limma包，基因本体论(geneontology， Category包。 结果 通过GOstats包进行GO生物过程(Biological 包进行GO 主要为免疫紊乱和炎症相关通路，信号分子通路以及内分泌系统相关通路：15个下调通路，主要为新陈代谢 相关通路以及氧化磷酸化通路。 讨论与结论 在全基因组水平上研究奶牛能量负平衡具有重要意义。单基因分析只能得到一个差异表达基因列表，而 基于生物学知识的基因集富集分析，则能从实际的生物学功能上，更好地对表达谱数据进行解释。不同的富 集方法对结果有一定的影响。通过对轻度能量负平衡和严重能量负平衡对照试验的微阵列分析，表明奶牛产 犊后，在严重能量负平衡时，机体可能对体外微生物侵袭的免疫应答反应迟缓，进而影响奶牛的产后发情， 使其不能按时配种受胎，产后第一次配种受胎率下降，产后第一次排卵推迟，空怀时间延长，产犊间隔加大， 降低终生产奶量和产犊数。相关通路及基因需进～步的研究。 致谢 ～35～